这样选取的区域还是有一点不准确。图片中被选中的区域有许多很小的选点,显然这是各种杂质,并不是成片的蛋白表达区域。对这些杂质小点有一个有效的方法来去除,就是测量过滤。(filter)
打开select measurement窗口,点一下中间被选中测量项目中的area项,使其加亮。这时下面的start与end选项就变黑可调了。对area来说,默认值一般是0,意思是不管区域有多小,都被计入测量范围内。现在我们把它改为50,也就是说,忽略了象素点小于50的杂质点,不予计算在内。
改完后点一下旁边的Filter按纽,再点measure按纽。或者回到count/size窗口内把Apply Filter Ranges in Range前面的选项给勾上,再点count按纽。这回就把小杂质点全给过滤掉了。
过滤是一种很有效的选取AOI的手段,除了定义面积范围进行过滤以外,还可以选取BOX X/Y测量项目,这是object外切长方形的长宽比,如果是园形的object,这个值应该是1,在作园形的细胞计数统计时,把这个值的范围设定在0.5到2.0之间,就可以滤掉长条形的杂质Object,当然同时也可以设面积过滤范围。把那些通过颜色选择不能排除的object给进一步排除掉。类似的测量选项还有Radius Ratio等,通过这些测量值的过滤,可使得AOI选得更加准确。
显微镜图象千差万别,每一次进行分析都需根据具体的图像情况来选择AOI方法。前面所述的各种技巧需交替应用。
凡是玩电脑都必会有一个reset键。不管作错了什么事,按一下reset键就可以全部重新来。选AOI也是这样,如果选得不合心意,想全部重新来的话,按count/size窗口中的delete键,就可以把刚才作的一切都给全部推倒重来了。
另外还有一个是反向选择。在选文件夹与word的edit菜单里都有这项功能。segmentation里也有这个哟。在前面的图象里,选好颜色后,点一下用红圈标注的那个按纽,就实现了反向选择。
关于segmentation窗口中其他一些按纽的用处,大家可以从帮助文件中查找。尽管帮助文件是英文的,看起来有点困难,但中文的帮助文件翻译得不准确,有时比英文的还难懂呢。
总结一下segmentation工具的用法,有两种,一种是在color cube based模式中用颜色吸管来选取目标颜色。另一种是在Histogram Based 模式中利用HSI范围来选取目标颜色。二种方法各有其优点,其共同之处就是把图片中相同颜色的区域给定义成一个class,以便对它们进行分析处理。
在segmentation窗口的下方还有一些有用的功能。
在priview框中,上面一个选项是对选择的区域标注ckass颜色的,可以选择不标色,只标当前class颜色(current class)或者所有class颜色。
下面一个选项则是对选中区域与非选中区域分别标上不同颜色的选择,我一般选择class color on transparent。这样在选择颜色时能观察尚未被选中的部分。如果把一部分选成black,其效果就等于把这一部分从图象中抠去,这个处理也是很有用的。标注上了class颜色的图象可以点creat priview image按纽来另存成一个新图片,
窗口最下方的file按纽是用来保存颜色选取参数的。这个颜色参数文件非常有用。在处理一组多个图片的时候,不能每个图片都选择一次颜色,这样各个图片的选择标准不一致,而且费时间。先处理一张典型的图片,把颜色选择参数保存成一个文件,在处理下一张图片时,只要把这个文件再调出来就行了。这个操作在使用宏操作时是必须的。


