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目的基因片段的PCR扩增与克隆
作者:佚名 来源:生物秀 时间:2007-6-9
    各对引物的复性温度不一样,用x代替。延伸时间用y代替,其中片断长度如果大于1kb,y为1.5 min;大于2kb,y为2.0 min;片断长度如果小于1kb,y为1 min。扩增按如下程序进行:

    step1      94℃      5 min        预变性
    step2      94℃      1 min        变性
    step3      X℃       1 min        复性
    step4      72℃      y min         延伸
    step5      GO TO     step2       30循环
    step6      72℃      10 min        延伸
    step7      4℃       10 min        保温
    step8      End

    扩增产物于0.8%的琼脂糖凝胶80伏电泳2 h,溴乙锭染色,凝胶成像仪观察分析扩增结果。若扩增谱带明显,并具有特异性,则挖带进行进一步扩增;若扩增谱带不明显,或特异性较差,则改变PCR条件,直到扩增出特异谱带。
    凝胶加样缓冲液:0.25%溴酚兰;0.25%二甲苯青FF;40%(w/v)蔗糖水溶液;1×TAE
    在琼脂糖凝胶中溴酚兰相当于35bp,二甲苯青相当于130bp。

    目的DNA片段的进一步扩增
    1 在长波紫外灯下切取特异的扩增谱带
    2 将挖取的琼脂糖凝胶置于1.5ml Eppendorf管中,加50µl TE,用枪头捣碎凝胶后于45℃水浴30min。
    3 离心5分钟后,取上清夜继续进行PCR,反应条件同第一次PCR。

    体系各成分

    (μL)

    10×Taq buffer

    5.0

    引物1(20p mol L-1)

    1.0

    引物2(20pmol/μL)

    1.0

    MgCl2(25m mol L-1)

    5.0

    4dNTP(2.5m mol L-1)

    5.0

    Template DNA

    32.5

    Taq(3U)

    0.5

    总体积

    50

    取5μL检测是否为特异单带。若为特异单带,则直接用2倍预冷的乙醇沉淀(加1/10体积5mol/LNaAc,2倍体积乙醇,-20oC放置1小时或过夜。离心(12000g,20min),沉淀用75%洗2次,DNA自然晾干,溶于1mol/LpH8.0的TE溶液中,贮于4℃待用);若为多带,则琼脂糖凝胶电泳后,在长波紫外灯下切取目的DNA片段,用DNA回收试剂盒回收。

    2.用E.Z.N.A.GelExtractionKit进行回收

    a)用0.8%琼脂糖凝胶电泳分离DNA片段,在紫外灯下切取目的片段,放入Eppendorf管。并称重。
    b)每管加入等体积的Bindingsolution(约100μL/0.1g),60℃水浴7min至凝胶完全融化,其间温和地混合几次。c)在Hind®DNAspin中加入700μLDNA/琼脂糖混合液。室温下,10,000rpm,离心3min,去上清。若DNA/琼脂糖混合液体积大于700μL,每次取700μL,连续装柱、离心。(注:每柱最多回收25~30μgDNA)
    d)加入300μLBindingbuffer,室温下,10,000rpm离心10min,弃上清。
    e)每管加入700μL的无水乙醇稀释的spwbuffer到柱中,静置3min,室温下,10,000rpm离心1min。
    f)弃上清,10,000rpm离心空管1min。
    g)转移柱至一个干净的1.5mL离心管中,每管加20μLDNAElutionbuffer,室温下,10,000rpm离心1min。上清夜即为纯化的DNA片段。

    3.目的片段的克隆
    纯化的片段连接到克隆载体pGEM-Tvector,转化导入宿主菌E.coliDH5α,通过蓝白斑筛选,PCR扩增鉴定后测序,获得的含所需要的目的片段的质粒。

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