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NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册
作者:未知 来源:中科院上海生命科学研究院生物信息中心 时间:2006-12-27

    文献数据库概要

    PubMed — 一个关于生物医药科学的检索系统,包括引用,摘要,和杂志的索引术语。它包括直接由出版商提供给NCBI的文献引用以及链接到在出版商网址上的全文的URLs。 PubMed包括MEDLINE和PREMEDLINE的完整内容。它还包括一些被MEDLINE认为超出范围的文章和杂志,(这些文章或杂志)由于内容或在某一时期不在索引范围内。因此PubMed是比MEDLINE的更大的集合。 杂志浏览器 — 允许你去查找收录到PubMed系统的杂志的名字,MEDLINE的缩写,或ISSN号码。 PubRef(开发中)— 一个关于来自于广大范围的科学杂志的数目记录,和链接到出版商网址的全文。PubRef包含了PubMEd,加上了来自其它学科的杂志出版商提供的引用和摘要。因此它是比PubMed更大的集合。这个计划的启动是因为NAS要求为科学领域的电子杂志提供一个“白皮书”服务。 PubMed中心(开发中) — PubMed中心是一个无障碍的NIH资源,用于在生命科学领域中同业互查的基础研究报告。从2000年一月开始接受杂志文章。所有在PubMed中心的材料将由目前任一主要的摘要和索引服务中列出的杂志提供,或者在编辑委员会中拥有3个以上有主要资金机构的研究经费的拥有人的杂志提供。 OMIM — 在线人类孟德尔遗传—经常更新的人类基因和遗传失调的目录,有链接到其它相关的文献参考,序列记录,和相关数据库。 书籍 — 同书籍出版商合作NCBI为网络改编了教科书,并把他们链接到PubMed—生物医药书目数据库。这是为了给PubMed提供背景信息,这样使用者可以探究在PubMed搜索结果中不熟悉的概念。目前收录的书有: Molecular Biology of the Cell, 3rd ed. Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J.D., 1994, Garland Publishing. 外部链接 — 一个登记服务,用于建立从在Entrez中的特定的文章,杂志,或生物数据到外部网址的链接。第三方可以提供一个URL,资源名字,关于他们网址的简要的描述,和关于从NCBI数据的哪里他们希望建立链接的详细说明。这个详细说明可以用对Entrez有效的布尔查询来写,也可以用特定的文章或序列的标志列表来写。这样NCBI PubMed的用户将可以通过“NCBI小房间”服务(开发中)来选择哪个外部链接在他们的搜索中是可见的。 引用匹配 — 允许你找到任何一篇在PubMed数据库中的文章的PubMed ID或MEDLINE UID,给出书目信息(杂志,卷,页码等)。 单篇文章的引用匹配。 许多文章的批量引用匹配。 E-mail引用匹配也是可以的,也可以用于单篇或许多文章。如果要获得帮助文件,给citation_matcher@ncbi.nlm.nih.gov写一封只有内容为HELP的E-Mail。


    Genomes and Maps Overview

    Entrez基因组:人,小鼠,大鼠,酵母,线虫,疟原虫,细菌,病毒,viroids,质粒,和真核细胞器。

    Entrez基因组(各种物种)

    Entrez基因组 — 超过800种在GenBank中被完整测序的物种,包括大于500种病毒,〉25种细菌,酵母,和许多viroids,质粒,和细胞器。还包括正在进行中的基因组,比如人,小鼠,线虫,疟原虫,果蝇,利什曼原虫,水稻,和玉米。提供完成的基因组/染色体的图形概览,并可以探究那些逐步细化的区域。也提供那些已经被NCBI工作人员分析过的物种的编码区的摘要和TaxTables。另外,Entrez Map Viewer,Entrez基因组的一个软件组成部分,提供整合的果蝇(细胞遗传学和序列图谱)和人类(细胞遗传学,遗传连锁,序列,放射杂交,和其它图谱)的染色体图谱的浏览。

    通过每个物种的Entrez基因组页面来下载〈350kb的基因组

    通过NCBI ftp站点来下载〉350kb的基因组—参见在genbank/genomes目录下的readme文件,ftp链接在每个物种的Entrez基因组页面上也有。

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