生物秀首页 新闻前沿 产业资讯 实验技术 仪器教程 生物考研 资源下载 生物人 物秀商城 生物论坛 图片 专业 博客 易生物 视频动画
生命科学实验中心
导航: 生物秀 > 实验 > 文献检索 > 正文
  • 倾力提供最优!
  • 生物秀实验频道
NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册
作者:未知 来源:中科院上海生命科学研究院生物信息中心 时间:2006-12-27

    NCBI站点地图---关于Database的一般介绍

    GenBank Overview

    基本信息

    什么是GenBank?GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。

    纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。

    访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。

    增长统计 - 参见公布通知的2.2.6(每个分类的统计),2.2.7(每个物种的统计),2.2.8(GenBank增长)小节。

    公布通知,最新 - 最近和即将有的变化,GenBank的分类,数据增长统计,GenBank的引用。

    公布通知,旧 - 同上相同,是过去公布的统计。

    遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。

    (向)GenBank提交(数据)

    关于提交序列数据,收到accession number,和对纪录作更新的一般信息。

    BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。(请在提交前用VecScreen去除载体)

    Sequin - 提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用,或者用基于TCP/IP的“network aware”模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。(请在提交前用VecScreen去除载体)

    ESTs - 表达序列标签,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。

    GSSs - 基因组调查序列,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC末端,及其他。

    HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列,未完成的(阶段0,1,2)和完成的(阶段3)序列。(注意:完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。)

    STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。

    注:SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中(dbSNP)。

    上一页  [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] [9] [10]  ... 下一页  >> 

关于〖NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册〗的最新评论
昵称:      评分: 1分 2分 3分 4分 5分
内容:
生物秀实验频道
Copyright © 2003-2008 生物秀 (中国·生物秀科技) 版权所有 信产部备案:鲁ICP备05001831号
客服信箱:info@bbioo.com  客服电话:15800302289  客服QQ:254857951
www.bbioo.com All Rights Reserved.