NCBI站点地图---关于Database的一般介绍
GenBank Overview
基本信息
什么是GenBank?GenBank是一个有来自于70,000多种生物的核苷酸序列的数据库。每条纪录都有编码区(CDS)特征的注释,还包括氨基酸的翻译。GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织,包括EMBL和DDBJ。
纪录样本 - 关于GenBank的各个字段的详细描述,以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。用accession number,作者姓名,物种,基因/蛋白名字,还有许多其他的文本术语来查询。关于Entrez更多的信息请看下文。用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。用E-mail来访问Entrez和BLAST可以通过Query和BLAST服务器。另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
增长统计 - 参见公布通知的2.2.6(每个分类的统计),2.2.7(每个物种的统计),2.2.8(GenBank增长)小节。
公布通知,最新 - 最近和即将有的变化,GenBank的分类,数据增长统计,GenBank的引用。
公布通知,旧 - 同上相同,是过去公布的统计。
遗传密码 - 15个遗传密码的概要。用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
(向)GenBank提交(数据)
关于提交序列数据,收到accession number,和对纪录作更新的一般信息。
BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。(请在提交前用VecScreen去除载体)
Sequin - 提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用,或者用基于TCP/IP的“network aware”模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。(请在提交前用VecScreen去除载体)
ESTs - 表达序列标签,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
GSSs - 基因组调查序列,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exon trap获得的序列,cosmid/BAC/YAC末端,及其他。
HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列,未完成的(阶段0,1,2)和完成的(阶段3)序列。(注意:完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。)
STSs - 序列标签位点。短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。
注:SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中(dbSNP)。


