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NCBI(美国国立生物技术信息中心)资源介绍及使用手册
作者:未知 来源:中科院上海生命科学研究院生物信息中心 时间:2006-12-27

    数据库和软件

    在1992年10月,NCBI承担起对GenBank DNA序列数据库的责任。NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库(EMBL和DDBJ)交换数据建立起数据库。同美国专利和商标局的安排使得专利的序列信息也被整合。

    GenBank是NIH遗传序列数据库,一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。这三个组织每天交换数据。

    GenBank以指数形式增长,核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。最近,GenBank拥有来自47,000个物种的30亿个碱基。

     

    孟德尔人类遗传(OMIM),三维蛋白质结构的分子模型数据库(MMDB),唯一人类基因序列集合(UniGene),人类基因组基因图谱,分类学浏览器,同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划(CGAP)。

    Entrez是NCBI的为用户提供整合的访问序列,定位,分类,和结构数据的搜索和检索系统。Entrez同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。Entrez是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具。这些数据库包括核酸序列,蛋白序列,大分子结构,全基因组,和通过PubMed检索的MEDLINE。Entrez的一个强大和独特的特点是检索相关的序列,结构,和参考文献的能力。杂志文献通过PubMed获得,PubMed是一个网络搜索界面,可以提供对在MEDLINE上的九百万杂志引用的访问,包含了链接到参与的出版商网络站点的全文文章。

    BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序,还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。NCBI提供的附加的软件工具有:开放阅读框寻觅器(ORF Finder),电子PCR,和序列提交工具,Sequin和BankIt。所有的NCBI数据库和软件工具可以从WWW或FTP来获得。NCBI还有E-mail服务器,提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。

    教育和训练

    NCBI通过赞助会议,研讨会,和系列演讲来培养在应用于分子生物学和遗传学的计算机领域的科学交流。一个科学访问学者项目已经成立,来培养同外部科学家的合作。作为NIH内部的部分研究项目,也提供博士后工作位置。

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