设置最优标准为可能性法
为结束这个指南,你将用最大可能性法标准来查找.在最大可能性法下面,一个对核酸取代较清楚的模式用来评价树.在可能性法分析中,选择一个合适的核酸取代模式是非常重要的步骤,但是这个超出了本指南的范围.为了节省时间,我们已经选择了合适模式,但是我们鼓励你去看Swofford et al. (1996)关于在最大可能性法标准下选择模式的讨论.你将使用在这个指南中早些时候保存的简约性树来获得给定数据最佳模式参数设置.以后你将用相同的模式和参数设置评估来查找最大可能性树.
1 设置最优标准
Mac • 选择 Analysis > Likelihood
Portable 和 Window s • 输入: set criterion=likelihood;
2 评价简约性树
我们已采用了Hasegawa, Kishino和 Yano (1985)的用微克分布比率进化序列. 假定我们采用PAUP的简约性拓扑和数据来评价转换/颠换比率,碱基频率和内部位点比率异质性.
Mac •选择Trees > Get Trees from File...
•点击Yes 来清除警告你没有保存树的对话框.
• 选择文件mp.tre 并点击Get Trees
• 选择Trees > Tree Scores > Likelihood...
• 在树评价对话框中点击Likelihoods settings...
