设置最优标准为距离依靠法
PAUP* 提供一个较大范围配对距离的方法,包括简单绝对差异到修正距离基础上的较为复杂的模式.配对距离能够用表格来总结,或者是用于除权配对法（UPGMAM）和邻位相连法构建树.另外,PAUP能用最小进化和最小平方功能在距离依靠法中评价树.下面的部分将介绍这些方法.
1 设置最优标准
Mac • 选择 Analysis > Distance
Portable 和 Windows • 输入: set criterion=distance;
2显示距离
首先你必须选择PAUP能够计算范围内的距离尺寸.在这个指南中,你将选择Hasegawa, Kishino和 Yano (1985)距离.他们估测转换/颠换比和碱基频率.
Mac • 选择 Analysis > Distance Settings...
• 在距离设置对话框,把DNA/RNA distances由Uncorrected ("p") 更改为 HKY85 并点击 OK
• 选择 Data > Show Pairwise Distances Portable 和 Windows • 输入: dset distance=hky85;
• 输入: showdist;
3 构建邻位相连树
接下来,你将用HKY85 距离构建邻位相连树 Mac • 选择 Analysis > Neighbor Joining/UPGMA...
•点击 OK
Portable 和 Windows • 输入: nj;
4 建立最小平方树
Mac • 选择 Analysis > Distance Settings...
• 更改Other options: 为 Objective function
• 选择Weighted least squares
• Inverse-squared weighting (power=2) 是Weighted least squares下的默认设置.如果不是,现在选择它并单击OK.
• 选择Analysis > Heuristic Search... 来开始最小平方查找
• 在启发式查找对话框中点击Search
Portable 和 Windows • 输入: dset objective=lsfit power=2;
• 输入: hsearch;
