Portable 和 Windows • 输入: saveassum file=tutorial.dat;
4 重新打开假设
重启PAUP并执行开始操作的文件primate-mtDNA-interleaved.nex,按以下步骤重新打开先前的假设设定
Mac 和 Windows • 选择 File : Open... 并选择 tutorial.dat
• 改变 Initial mode(起始模式):由Edit到Execute 并点击
Execute
Portable • 输入: execute tutorial.dat;
你现在将返回到你所开始的地方.为了保证假设是有效的,从Data菜单或在命令行用cstatus选择Show Character Status....你将得到下面的输出
查找树
1 定义最佳标准
PAUP* 4.0 具有用不同的最佳标准来分析数据的优点;这些标准有简约性法,可能性法和距离依靠法.在这个手册的好几章节和大量已发表的文献中专注于比较这些最佳标准的性能.在这里我们只是仅仅说每个标准都有各自的长处和限制,而不花费时间讨论目前标准各自相关的优点. 一开始,我们默认采用最大简约性法标准来查找最优树.在这个指南的后面,你可以用其他标准查找树.
Mac • 选择 Analysis > Parsimony (注: 简约性法是默认设置并可能已被选定.)
Portable 和 Windows • 输入: set criterion=parsimony;
2 定义查找策略
PAUP* 提供了两个基本类方法来查找最优树;它们是精确的和启发式的.精确的方法保证找到最优树,但是却可能需要大量的计算时间来分析大批量的数据设置.启发式方法不一定找到最优树,但是一般需要较少的计算时间.即使当前的数据相对少,你开始将采用启发式查找.
Mac • 选择 Analysis > Heuristic Search...
• 在项目菜单下选择 Stepwise-Addition Options
