定义假设
在你开始分析之前,这里有一个很好的机会了解你的数据矩阵中元素的有关信息,这些信息可能提示这些元素可能有不同的加权值.如,通常发生在密码子第一位的取代频率要低于第三位. 这个简单的解释是密码子第一位的取代通常导致一个氨基酸的取代,但是,第三位的改变却不会改变氨基酸的转录.你要把这些信息包含在下面的分析中,可以通过采用在密码子第一位的高权重的取代来解决.用charset命令已经确定例子文件中的密码子位点.
1 增加元素权重
Mac • 选择 Data > Set Character Weights...
. • 在 CharSets菜单下选择 1stpos
. • 在 Assign weight 框中输入 2 并单击 Apply 然后单击Done
Portable 和 Windows • 输入: weights 2:1stpos;
2设置元素类型
PAUP默认所有转换耗费都相同,在这部分,你将调用一个元素类型,它被分配了比转录较高的权重的颠换.更详细的说,我们将假定颠换(从嘌呤(A或G)到嘧啶的改变(C或T))的耗费是转录的两倍,一个在这个分析包含这个假设的方法是:建立转录/颠换 “步骤矩阵”.这样的步骤矩阵已在例子文件中定义.为了应用转换耗费到当前考虑的所有元素中去,
可以按以下操作:
Mac • 选择Data > Set Character Types...
. • 在Characters:下面点击All按钮
. • 在菜单 User-Defined 下 2 1 并点击Done
