管理数据
PAUP提供了几个方法对包括在数据矩阵中的分类和元素的子集进行限制分析,如这个例子数据设置包括主要的线粒体DNA编码和非编码蛋白区域.假设我们只想分析这个数据中的编码区域.用charsets命令可以识别该例子文件中这些区域的元素. 你可以通过一个单个的名称来参考一组元素,这样使得元素设置程序变得简单.除了编码区域,你可以通过排除数据集中所有的元素来开始.
1 排除元素
Mac • 选择Data > Include-Exclude Characters...
• 在 Included characters:下面点击All并点击 >> Exclude >>
• 在 Excluded characters: 下面选择 CharSets : coding并点击<<Include <<
• 点击 OK
Portable 和 windows • 输入: include coding/only;
2 删除分类
你也可以限制你所有的分析为五个人科动物种和三个其他用于外围集团分类的灵长类种.这五个人科动物(Homo sapiens, Pan, Gorilla, Pongo, 和Hylobates)可以用例子文件中的taxset命令来确定,用相同的方法,charset命令使得你可以通过单个名称来参考一组元素,taxset使得你通过单个名称来参考一组分类.
Mac • 选择Data > Delete-Restore Taxa...
•在Undeleted taxa:下点击All并点击Delete
•在Deleted taxa:下面选择Taxsets并然后选择hominoids
•拉下应用命令键(
)选择 Lemur catta, Macaca fuscata和 Saimiri sciureus
• 点击 Restore 和OK
Portable和 Windows •输入: undelete hominoids lemur_catta macaca_fuscata saimiri_sciureus/only;
要注意在命令行中分类名中的空格一定要用”_”(字符下划线)或包含在单引号中,也有PUAP不注意分类标签中的元素语法格.最后,要意识到当各自用exclude和delete命令(或菜单相等的命令)来排除或删除分类时,你实际上没有修改数据文件.也就是,下一次执行这个例子数据时,所有的元素和分类设置仍将在内.
