• 在树评价对话框中重新选择 OK Portable 和 Windows • 输入: gettrees file=mp.tre;
• 按Enter来消除没有保存树的警告
•输入: lscores 1 / wts=ignore nst=2
tratio=estimate rates=gamma shape=estimate;
根据你所有的计算机不同,可能要花费几秒到几分钟使得PAUP来处理当前内存中树的分支长度和取代模式参数的优化.当PAUP结束优化处理,将输出关于用简约性法查找的树的拓朴结构的负对数可能性并给出评估的模式参数值.
3 设置可能性模式参数
在启发式查找开始之前,你必须安装模式参数到那些先前评估的步骤.如果这些项目留待评估,PAUP将估测启发式查找过程中的每种拓扑重排参数.因为PAUP在启发式查找中可以产生成千上万的拓扑重排,使得评价项目设置需要明显的增加时间来完成查找.通常,一个非常有效的在最大可能性方法下评价模式参数和树拓扑的方法是成功的评价树查找中产生的新的树的模式参数(Swofford et al. 1996).更详细的说,如果在可能性标准下找到的拓扑结构不同于评价参数上的拓扑结构,你就要在新的拓扑结构下重新评价参数并用新的设置参数重新查找.在这个指南中,你将完成一个在一个拓扑上的参数评价并随后应用这个参数来查找的反复.原则上,你一直继续直到得到相同的拓扑.
Mac •选择 Analysis > Likelihood Settings...
• 在Maximum likelihood options: 下面选择 Substitution model
•通过点击Previous按钮来选择先前步骤的评价值来设置 Ti/tv ratio:
•在 Maximum likelihood option: 下面选择 Among -site rate variation
•通过点击Previous按钮来选择先前步骤的评价值来设置 Shape parameter
•点击 OK
Portable 和 Windows • 输入: lset tratio=previous shape=previous;
4 开始查找树
Mac • 选择Analysis > Heuristic Search...
•在Heuristic Search下面,下拉菜单,选择Step-wise addition options
•在 Addition sequence 下面,改变random 为asis 并点击 Search
Portable 和 Windows • 输入: hsearch addseq=asis;
同样,查找所需时间依赖你所使用的计算机.
在批文件中提交命令
分析者也可以用非交互式批方法来操作.当你知道你的分析需要大量时间完成时,这种方法特别有效.在下面的例子中,所有需要完成上述描述的例子分析的命令都包含在一个”paup”模块中,在开始的paup模块中加入了一套命令,它们用来消除在启发式查找完成后的提示对话框及几个其他的警告(仅仅在Mac 和 Windows中).要想以批模式运行模块,首先拷贝下面给定的文本到一个文件中,并把这个文件保存在和文件
primate-mtDNA-interleaved.nex file相同的目录下.现在就像执行
primate-mtDNA-interleaved.nex文件一样执行这个文件.
Begin paup;
set autoclose=yes warntree=no warnreset=no;
log start file=practice.log replace;
execute primate-mtDNA-interleaved.nex;
cstatus;
include coding/only;
undelete hominoids lemur_catta macaca_fuscata
saimiri_sciureus/only;
weight 2:1stpos;
ctype 2_1:all;
Set criterion=parsimony;
hsearch addseq=random;
Showtree;
describetrees 1/ plot=phylogram brlens=yes;
savetrees file=mp.tre replace;
set criterion=distance;
dset distance=hky85;
showdist;
nj;
dset objective=lsfit power=2;
hsearch;
gettrees file=mp.tre;
lscore 1/wts=ignore nst=2 tratio=est rates=gamma
shape=estimate;
set criterion=likelihood;
lset tratio=previous shape=previous;
hsearch addseq=asis;
end;
展望
这个指南包括PAUP* 4.0的简单概括的基本用法.PAUP中所有命令和选项的简要描述和列表都有命令参考文档.在这里,我们鼓励你去开发你自己的数据设置或其他PAUP包括的例子数据设置.你也可以在我们的网上在线找到关于怎样使用PAUP的信息.我们的网址是: http://paup.csit.fsu.edu/.
