• 在 Maximum likelihood options:下面选择 Substitution model
• 把 Ti/tv ratio:由 Set to: t更改为 Estimate
• 在Maximum likelihood options:下面选择 Among-site rate
• 在 Variable sites 下面选择 Gamma distribution
• 在 Shape parameter下面,把比率由Set to:改为 Estimate
• 点击 OK
• 返回 Maximum likelihood option: 菜单并选择Miscellaneous
• 选择 Ignore character weights (如果相关)并点击 OK
