限制和修饰现象在上个世纪中期被人们所发现，到 2005年1月，已经发现 4342 种限制酶和甲基化酶，其中限制酶有 3681 种。限制性内切酶有特定的识别位点和切割位点，切割后可产生平末端或粘性末端。酶切有标准的反应体系，受末端长度的影响，有位点偏爱性，在极端非标准条件下会产生星星活性。通过酶切连接可以增减酶切位点，酶切位点在基因组中的分布是不均匀的。大肠杆菌有三种甲基化酶和三种依赖于甲基化的限制系统。甲基化对限制酶切影响。基因操作常用的 DNA 聚合酶有大肠杆菌 DNA 聚合酶Ⅰ，T4、T7 DNA 聚合酶以及末端转移酶。为满足工作需要，还开发有 Klenow DNA 聚合酶，耐热 DNA 聚合酶以及反转录酶。除限制修饰酶和聚合酶以外，基因操作中还用到很多重要的酶，包括：连接酶、T4 多核苷酸激酶、碱性磷酸酶、核酸酶、琼脂糖酶、蛋白酶、溶菌酶以及一些 DNA 结合蛋白。
一、限制性核酸内切酶
限制性核酸内切:能在特异位点（酶切位点）上催化双链DNA分子的断裂,产生相应的限制性DNA片段。
存在于细菌体内。
切割不同来源的DNA分子将产生特征性限制性酶切图谱，具有重大应用价值（“分子手术刀”）。
