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基因组DNA的提取与检测
作者:未知 来源:生物秀 时间:2006-11-9

      四、操作步骤:
      1. 切取组织5g左右,剔除结缔组织,吸水纸吸干血液,剪碎放入研钵(越细越好)。 
      2. 倒入液氮,磨成粉末,加10ml分离缓冲液。 
      3. 加1ml 10% SDS, 混匀,此时样品变得很粘稠。 
      4. 加50ul或1mg 蛋白酶 K, 37℃保温1-2小时, 直到组织完全解体。 
      5. 加1ml 5mol/L NaCl, 混匀,5000rpm离心数秒钟。 
      6.取上清液于新离心管,用等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提。待分层后,3000rpm离心 5分钟。
      7. 取上层水相至干净离心管, 加2倍体积乙醚抽提(在通风情况下操作)。 
      8. 移去上层乙醚,保留下层水相。 
      9. 加1/10 体积3mol/L NaAc, 及2倍体积无水乙醇颠倒混合沉淀DNA。室温下静止10-20分钟,DNA沉淀形成白色絮状物。 
      10. 用玻棒钩出DNA沉淀,70%乙醇中漂洗后,在吸水纸上吸干,溶解于1ml TE中,-20℃保存。 
      11. 如果DNA溶液中有不溶解颗粒,可在5000rpm短暂离心,取上清; 如要除去其中的RNA,可加5μl RNaseA(10μg/μl), 37℃保温30分钟, 用酚抽提后, 按步骤9-10重沉淀DNA。 
    细菌基因组DNA的制备
      一、材料 
      细菌培养物。 
      二、设备 
      移液管, 高速冷冻离心机, 台式离心机,水浴锅。 
      三、试剂 
      1、CTAB/NaCl溶液:4.1g NaCl溶解于80ml H2O,缓慢加入10g CTAB,加水至100ml。 
      2、其它试剂:氯仿:异戊醇(24:1),酚:氯仿:异戊醇(25:24:1),异丙醇,70% 乙醇,TE,10% SDS,蛋白酶 K (20mg/ml或粉剂),5mol/L NaCl。 
      四、操作步骤:
      1. 100ml 细菌过夜培养液, 5000rpm离心10分钟, 去上清液。 
      2. 加9.5ml TE悬浮沉淀, 并加0.5ml 10% SDS, 50μl 20mg/ml(或1mg干粉)蛋白酶 K, 混匀, 37℃保温1小时。 
      3. 加1.5ml 5mol/L NaCl, 混匀。 
      4. 加1.5ml CTAB/NaCl溶液, 混匀, 65℃保温20分钟。 
      5. 用等体积酚:氯仿:异戊醇(25:24:1)抽提, 5000rpm离心10分钟, 将上清液移至干净离心管。 
      6. 用等体积氯仿:异戊醇(24:1)抽提, 取上清液移至干净管中。 
      7. 加1倍体积异丙醇, 颠倒混合, 室温下静止10分钟,沉淀DNA。 
      8. 用玻棒捞出DNA沉淀, 70%乙醇漂洗后, 吸干,溶解于1ml TE, -20℃保存。如DNA沉淀无法捞出,可5000rpm离心, 使DNA沉淀。 
      9. 如要除去其中的RNA, 可以按本章第三节中操作步骤处理。 

    基因组DNA的检测
      上述方法得到的DNA一般可以用作Southern, RFLP、PCR等分析。由于所用材料的不同,得到的DNA产量及质量均不同,有时DNA中含有酚类和多糖类物质,会影响酶切和PCR的效果。所以获得基因组DNA后,均需检测DNA的产量和质量。
      1. DNA溶液稀释20-30倍后,测定OD260 /OD280 比值, 明确DNA的含量和质量。 
      2. 取2-5μl 在0.7% agarose胶上电泳, 检测DNA的分子大小。 
      3. 取2μg DNA, 用10单位(U)HindⅢ酶切过夜, 0.7% agarose胶上电泳, 检测能否完全酶解(做RFLP, DNA必须完全酶解)。 
      如果DNA中所含杂质多, 不能完全酶切, 或小分子DNA多, 影响接续的分析和操作,可以用下列方法处理: 
      (1)选用幼嫩植物组织,可减少淀粉类的含量。 
      (2) 酚:氯仿抽提, 去除蛋白质和多糖。 
      (3)Sepharose柱过滤, 去除酚类、多糖和小分子DNA。 
      (4)CsCl梯度离心, 去除杂质, 分离大片段DNA(可用作文库构建)。

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