(三) 链球菌症
链球菌(streptococcus dermatitis)可以引起局部坏死性溃疡性皮肤炎与全身系统性的感染。可以在颈部两耳间，耳下与耳翼处见到溃疡。全身感染则是败血症及心内膜炎。
改进动物环境卫生或使用系统性抗生素疗法，可以避免感染的机会。
(四) 泰瑞氏疾病 (Tyzzer’s disease)
梭状杆菌(Clostridium piliforme)引起。常发生在恶劣环境或免疫抑制的小鼠。
传染途径为经口传染(芽胞，粪便等)。临床症状为水样下痢，脱水及食欲不振或无临床症状突然死亡。
预防：1. 有良好的卫生，避免过度拥挤饲养。2. 食物和垫料用高温高压灭菌锅消毒。3. 用0.3 %的次氯酸钠清毒房舍以灭少芽胞数量。
(五) 与纤毛相关的呼吸道杆菌
天然的宿主为大鼠、家兔和小鼠。属于格兰氏阴性，棒状杆菌。通常在感染霉浆菌的动物身上被发现。微生物依附在呼吸道的上皮细胞。
临床症状：无症状或轻度呼吸道症状。如果有轻度啰音，易见于肥胖小鼠。
(六) 沙门氏菌症 (Salmonellosis)
有2种血清型常见于小鼠和大鼠(S. typhimurium和S. enteritidis)。也属于人畜共同传染病原。
感染途径：粪便污染的垫料、食物及饮水，由口摄入感染。
临床症状：哺乳期的小鼠或食物和饮水被剥夺时容易导致感染而发病。
预防与控制：1. 清除受感染的动物，隔离受感染的饲养者，剖腹产。2. 定期对啮齿类族群做健康监控，维持良好的隔离屏障。
三、 寄生虫
(一) 蛲虫(Pinworms)
可感染大小鼠的蛲虫有三种，大鼠蛲虫(Syphacia Muris)，鼠蛲虫(Aspiculuris tetrater)及小鼠蛲虫(Syphacia obvelata)。后两者为小鼠常见。
蛲虫寄生在盲肠与结肠。轻微感染时无症状，严重时会生长迟缓，下痢,肠套迭和脱肛等现象。
控制：1. 定期的健康监测。2. 严格的环境消毒，饲料与垫料的灭菌。3. 定期的投药。4. 增加换笼的频度。5. 感染严重时，可将比较珍贵的感染动物进行帝王切开术，再隔离饲养。6. 使用有滤网的笼盖可防止笼间感染。
(二) 绦虫(Tapeworms)
微小包膜绦虫Hymenolepis nana。感染小鼠严重会下痢及生长迟缓。
预防鼠绦虫要以严格卫生管理及消除中间宿主为主。
(三) 毛虱 (Myobia musculi)
是一种对实验小鼠有病原性的小疥虫(mites)。常见于毛发浓度的区域，例如头顶和背；裸鼠和无毛小鼠比较不具感染力。C57BL品系很容易导致严重的皮肤病；可能因为这品系对疥虫过敏。
可从皮肤刮取下的毛发中找到。药物治疗可以减低数量但无法根除，从环境改善避免感染以及剔除感染老鼠为根本的办法。
(四) 跳蚤(Fleas)
盲蚤Leptopsylla segnis为寄生于小鼠及大鼠的一种跳蚤。会引起皮肤刺激，过敏性皮肤炎，贫血和食欲不佳。
跳蚤控制，动物房内不能饲养野生啮齿动物，并且要防止其进入动物房内。
四、饲养管理性疾病
(一) 环尾症 (Ring Tail)
一般实验动物房相对湿度在50-70 %，温度在20-25℃之间。当湿度降在40 %以下而温度升高时，就容易发生环尾症。
环尾症出现于大小鼠，但小鼠较常发生。尾巴出现圆形环状纹，初期呈现水肿，出血，皮肤坏死及脱皮。严重者尾根及尾巴成干性坏疽病变，留下永久性环形纹。
(二) 其它
外伤：常发生于同笼的公鼠互相攻击。
脱毛：可在全身各处发生，原因很多。理毛行为，打架，外伤，环境紧迫，内分泌异常等都可以引起脱毛。
