视叶在果蝇脑内两侧与复眼相连，包括薄板（lamina）、髓质（medulla）、小叶（lobula）及小叶板（lobula plate）四个部分。视觉信号由光感受器细胞产生，然后依次经过薄板、髓质、小叶及小叶板进行处理，最后到达中央脑的各个脑结构，形成了果蝇视觉信息处理的神经通路(图2上)。果蝇的中央脑部分位于果蝇脑内中部，其中又包含了几个结构清晰的亚结构：触角小叶（antennal lobes，AL）、蘑菇体（mushroom bodies，MBs）、中央复合体（central complex，CC）。触角小叶是果蝇CNS中嗅觉通路的第一站，嗅觉信息由果蝇触角（antenna）传递到触角小叶处理，然后由触球纤维束（antennoglomerular tract，AGT）投射到蘑菇体及原脑叶外侧角（lateral horn, LH）等其它区域（图2下）。蘑菇体分为萼（主要是神经元胞体所在的部位）和几个小叶（由神经纤维组成），它参与了嗅觉的学习和记忆、求偶以及运动等，但似乎并不参与昼夜节律的调节（Helfrich-Forster et al., 2002）。中央复合体是一个复杂的脑结构，位于果蝇食管上神经节的中央；进一步包含了几个亚结构，对于中央复合体各部分的确切功能目前还不是很清楚，有研究表明它参与了果蝇的运动调控。
果蝇的神经系统相对于脊椎动物等其它物种来说相对简单，因而对其生理、生化及解剖的研究相对简单易行。但是它的神经系统又具有一定的复杂性，使得果蝇可以完成觅食、交配、求偶、学习记忆以及昼夜节律等复杂行为。果蝇无论在蛋白质分子基础，还是信号传导通路；无论是神经编码方式，还是突触传递机制，以及神经疾病的发生和病症上，都与哺乳动物有高度的相似性。因此，以果蝇为模型，研究神经系统的一些基本问题，是一个简捷而有效的途径。
