六、粘液染色
粘液从组织源上分上皮细胞分泌性及结缔组织粘液性两种。粘液染色能有助于某些疾病的诊断。
应用：
（1）水肿与粘液变性：皮肤真皮水肿与粘液变性有时较难以从组织学上区别，染粘液有助于鉴别。
（2）硬皮病与硬肿病的鉴别：后者胶原纤维增生，纤维之间粘液阳性物质增多，有助于这两者之间的鉴别。
（3）粘液细胞癌的诊断与鉴别：胃活检时，印戒细胞与黄瘤细胞或泡沫细胞不易鉴别，染粘液即可确定是否为印戒细胞。
（4）胃癌分型：有人将胃癌分为肠型及胃型，这种分型与流行病、年龄及预后有一定关系，利用AB/PBS染色，胃癌细胞分泌中性粘液为胃型，分泌酸性粘液为肠型。
七、色素染色（含铁血黄素及黑色素）
含铁血黄素是由漏出于血管外的红细胞，被巨噬细胞吞噬后，分解血红蛋白产生的颗粒，HE染色为棕黄色，故称为含铁血黄素。因有时与福尔马林沉渣及黑色素等难相区别，故做含铁血黄素染色。
应用：
主要用于同其它色素鉴别，若为阳性，显示陈旧性出血。
黑色素常见于皮肤色素细胞，恶性黑色素瘤常可产生黑色素。组织内大量存在时呈棕黑色，易于鉴别。但少量存在时便难与其它色素相鉴别，须作黑色素染色。
应用：
（1）黑色素瘤的诊断与鉴别诊断：肿瘤细胞内色素是否为黑色素，染黑色素有助于确定黑色素性质及肿瘤的定性诊断。
（2）血色病与黑便病：真皮内有色素沉着，黑色素阴性而含铁血黄素阳性者可能为前者。
八、神经原纤维染色
神经原纤维呈细线状，存在于神经细胞体及树突中，它们形成一个稠密的网状，轴突中的原纤维也互相交织在一起，且伸延至轴突全长。在HE染色中呈粉红色，难与胶原纤维相区别，故须作神经纤维染色。
应用：
（1）有利于观察神经原纤维的损伤。
（2）神经系统肿瘤的诊断与鉴别诊断：如神经母细胞瘤与未分化癌的区别等。
九、病原微生物染色
真菌和霉菌
真菌引起的病变虽然多种多样，但都不具有特异性，且真菌在HE染色中均显蓝色，故须作真菌染色。
应用：
在化脓性炎、坏死性化脓性炎及肉芽组织性化脓性炎或化脓性炎伴有巨细胞反应疑为霉菌感染时，找到霉菌的菌丝、抱子及菌体即诊断为霉菌性炎。
细菌
细菌在HE染色上不能分类，故须作细菌染色。
应用：
（1）一些疑为细菌感染性炎症，可用细菌染色进一步确定病原诊断。如伤寒肉芽肿性炎或葡萄球菌性炎等化脓性炎症的诊断中细菌染色有很重要的诊断价值。
（2）风病与结核病：均由菌体表面含蜡质膜的抗酸杆菌所感染形成，故须经抗酸染色才能着色，从而与其它疾病相鉴别。
