在组织切片上，显示细菌最常用的染色法是Gram氏染色法，依据染色性状不同，把细菌分为两大类，Gram氏阳性细菌和Gram氏阴性细菌。
分枝杆菌有脂性被膜，用Gram氏染色法染色一般不易着色。为了显示这类杆菌，齐一尼氏石碳酸复红是最常用的经典染色方法。杆菌着色后，具有抗盐酸酒精的脱色作用，故又称抗酸性杆菌，这类细菌在病理学检验中最多见的是结核杆菌和麻疯杆菌。
结核杆菌呈单个或平行聚合排列。
麻疯杆菌与结核杆菌相似，但较短粗。
螺旋体染色目前仍使用经典的Levaditi氏组织块银染法染色。石蜡切片染色则采用Wartrin Starry氏法。
大部分霉菌虽可在HE染色切片中显示出来，但有些则需特殊染色法。如用P.A.S显示白色念球菌，新型隐球菌用Crocott-Gomori氏六胺银法。
一、Gram氏染色法
操作方法：
（1）切片常规脱蜡至水。
（2）结晶紫液中染45秒。
（3）自来水洗。
（4）Gram氏碘1分钟。
（5）在碘丙酮中分化(直到切片无色为止)。
（6）水冲洗。
（7）1%中性红染核1分钟。
（8）自来水速洗。
常规脱水、透明、封固。
结果：Gram氏阳性菌呈蓝黑色，Gram氏阴性菌呈红色。
Gram氏试剂配制。
1．结晶紫染液(Lillie氏)
  95%酒精    20ml
  结晶紫      2g
  草酸铵      1g
  蒸馏水      80ml
2．Gram氏碘液
  碘结晶      1g
  碘化钾      2g
  蒸馏水      300ml
3．碘丙酮溶液
  Lugot氏碘   2ml
  丙酮         98ml
  Gram氏切片染色(改良法)
操作方法：
（1）石蜡切片脱蜡常规至水。
（2）HE水溶液染色，伊红较正常深。
（3）1%结晶紫滴于切片染5-10分钟。
（4）倾去染液加Lugol氏碘液5-10分钟。
（5）倾去碘液，滤纸稍印干。
（6）苯胺二甲苯(1:1)分化至无色。
（7）二甲苯洗2次。
（8）二甲苯透明、树胶封固。
结果：Gram阳性细菌及纤维素亮蓝色，核兰色，背景淡红色。
试剂配制：
1．1%龙胆紫或甲紫、结晶紫水溶液。
2．Lugol氏碘液。

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