在某些病理情况下，细胞代谢所产生和沉着的色素，如脂褐素、黑色素、含铁血黄素、嗜铬、嗜银颗粒及组织内的微量金属离子等，则需要一些特殊染色加以证明。
一、含铁血黄素染色法：
在慢性淤血的脏器组织内常有含铁血黄素沉着，一般易于同其它色素鉴别，但在不易区分的情况下可作铁反应加以证明。
Perls氏普鲁氏兰反应：
（1）石蜡切片脱蜡至水。
（2）蒸馏水洗。
（3）2%亚铁氰化钾（或钠）、2%盐酸等量混合液（用前混合）处理15-20分钟。
（4）蒸馏水洗。
（5）脱水、透明、封固。
结果：含铁血黄素呈蓝色（蓝黑色）。
二、黑色素染色法：
黑色素是深褐至黑色的颗粒状色素，常见于皮肤色素细胞，恶性黑色素瘤。组织内大量存在时呈棕黑色，易于鉴别。但量少时则需用特殊染色来显示鉴别。
黑色素不能为有机溶剂溶解，但易于用强氧化剂漂白而脱色。另外，黑色素本身具有还原银液的能力。因此，用氨银可以将组织中的黑色素显示黑色。通过铁反应也可将其呈暗蓝色而显示出来。
Fontana氏染色法：
操作方法：
（1）固定于10%甲醛的组织还能用含铬盐的固定液。
（2）石蜡切片。
（3）染色前一般步骤，按照常规进行。
（4）置切片于蒸馏水中充分洗涤。
（5）投入下列溶液中，并置于暗处12-18小时。
在5%硝酸银水溶液中滴加氨水，至其沉淀被溶解，然后再加5%硝酸银水溶液数滴，至溶液呈混浊为度。此液最好临用新鲜配制。
（6）用蒸馏水洗2分钟。
（7）以0.2%氯化金水溶液增色5-10分钟。
（8）用蒸馏水洗。
（9）投入5%硫代硫酸钠2分钟。
（10）自来水洗。
（11）如需复杂，可用苏木素—伊红染色法。
（12）酒精脱水、二甲苯透明、树胶封固。
结果：黑色素呈黑色。
注意事项：
（1）Perls氏溶液临用前新鲜配制，不宜久存再用。
（2）Perls染色过程中，应避免用生锈及其它可能造成铁质的普通水洗，而应用蒸馏水洗。
（3）Fontana氏染色法，切片在氨银溶液中浸染时，需在镜下来鉴别褐控制染色时间，以黑色素呈黑色为度，时间过长，会将脂褐素，橙色血质均染成黑色。
（4）一般应另用一张切片进行脱黑色素对照。
附：脱黑色素方法：
（1）切片常规脱蜡入水。
（2） 入0.1%-0.25%高锰酸钾水溶液内2-4小时，水洗再用1%草酸水溶液漂白水洗。或用氯化钾1克，70%酒精50毫升，浓盐酸1毫升，混合脱色液处理2-3小时。镜下控制以细胞内外黑色素完全消失为度。
（3）充分脱水。
（5）常规脱水封片。
