17. TreeView
Tree View是用来生成与打印进化树的软件，它可以读取NEXUS与PHYLIP生成的进化树格式文件，生成进化树,并输出到打印机。
18. Antheprot
蛋白质序列分析软件包ANTHEPROT 4.5是位于法国的蛋白质生物与化学研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年时间开发出的蛋白质研究软件包。软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测。更重要的是该软件能够提供蛋白序列的一些二级结构信息，使用户有可能模拟出未知蛋白的高级结构。
19. BioEdit
是一个序列编辑器与分析工具软件，功能非常强大，使用十分容易。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制、等等等等。总之，功能强大，人人需要。
20. DNAMend
DNAmend是一名德国人编写的用于对DNA序列进行分析，编辑的专业软件，主要的用途是在基因克隆过程中，利用其提供的对DNA序列的限制性酶切分析，开读框搜索，序列转译，末端修剪等功能对DNA序列进行酶切、连接、末端补平等模拟操作，为克隆流程设计及克隆过程监视提供直观的控制工具，便于对克隆中可能出现的问题进行分析，并可将结果输出用于发表文章。
21. Bioperl 常用的分子生物学编程语言
22. Biojave常用的分子生物学编程语言
23. Oligo 2.7M
引物分析著名软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。
24. Pcgene
pcgene在任何时候均有帮助，包括操作和pcgene计算所采取的理论原理。
pcgene软件功能有：
一、根据胶板读出序列（需特殊硬件支持）
二、核酸蛋白序列输入、修改、编辑和打印输出，物化参数计算（组成、分子量、等电点等）、特殊蛋白序列显示方式、语音序列读出
三、序列分析：
1.核酸一级结构分析：查找子序列、正向反向重复序列查找、pcr引物序列分析、转译成蛋白序列、使用embl cds自动转译、遗传密码更改
2.核酸位点分析：真核生物起始区位点分析，特殊位点检测（核糖体可能结合位点等）
3.核酸表达区分析、序列比较、限制酶位点分析、核酸同源性比较、核酸序列参数统计信息
4.核酸二级结构分析：回行结构分析、RNA结构、DNA螺旋、tRNA序列查找
5.蛋白一级结构分析：查找子序列、蛋白->核酸序列、最佳寡核甘酸探针
6.蛋白位点分析、断点分析、同源序列比较、二级结构分析、序列统计结果
7.序列可以是单个的，也可以将它装入数据库分子生物应用软件pcgene共四张（1.44M） rar压缩
