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PCR在病毒学中的应用
作者:bluerhythm 来源:生物秀 时间:2006-9-27

    (一)病原学:HBV为嗜肝DNA病毒(hepadna Virus).
      1.形态:完整的HBV颗粒呈园形,直径42nm,双层结构,由外壳蛋白和核心成分组成.外壳蛋白包括S、前S1和前S2蛋白,核心成分则包括核心蛋白(HBCAg)、病毒(HBVDNA)和DNA多聚酶(DNA).
      2.基因组:HBV基因组由一环形、部分双链DNA组成.HBVDNA长链(一)约3.2Kb、短链S(+)约为400~1900bp.该基因组包括4个可被转录的开放读码区域---S、C、P和X区,P区与另外三个区重叠.S区由前S1、前S2和S基因组成,主要码组成病毒外壳的三种不同蛋白,即大蛋白、中蛋白和主蛋白,C区编码白(HBAg).P基因编码病毒DNA多聚酶,为复制所必需.X基因产物为X蛋白,与HBV反式激活等功能有关.

    (二)流行病学
      1.地区分布:呈世界性分布,但不同地区差异很大,按人群中HBsAg携带率高低可划分为三类:①低流行区(携带率<1%),如北美、北欧、英等;②中流行区(1-5%),如南欧、西南亚、俄罗斯等;③高流行区(10-20%).如东南亚、非洲和我国等.另外HBs5Ag的亚型地理分布也有明显差异.adr多见于东南亚和我国;adw多见于美洲,澳大利亚和北欧;ayr罕见;而ayw分布最广,由西非、北非、南欧、经地中海至中东、南亚次大陆.
      2.传染源:各种类型的乙肝患者和HBsAg携带者.潜伏期为6周至6个月,平均为3个月.
      3.传播途径:由于HBV存在于血液,唾液、泪液、腹水、羊水、尿、精液、阴道分泌物、月经血和乳汁等中,所以传播途径多样且复杂.但主要经血液、母婴和接触传播.

    (三)引物的设计

     
    序列
    位置
    片段大小(bp)
    HPV6/11
    引物15'ATGCCTCCACGTCTGCAAC3'
    115133
    112
     
    引物23'TACGTGACTGGTGGCCGTCTC5'
    208227
     
    HPV16/33
    引物15'TGAGGTATATGACTTTGCTTTT3'
    223244
    183
     
    引物23'AATTAATCCACATAAT5'
    401416
     
    HPV18
    引物15'TGTCATAACCTTGAATGTCT3'
    428437
    99
     
    引物23'AAATGTATAGATTTTTATTC5'
    508507
     

    HPV型特异型引物

    型别
    序列
    片段大小(bp)
    HPV6
    引物15'AGACCAGTTGTGCAAGACGTTTAA3'
    263
     
    引物23'GATTTGTTCTGTAGAATCTGCACG5'
     
    HPV11
    引物15'AGACCAGTTGTGCAAGACGTTTAA3'
    144
     
    引物23'ACACACCGCTCTGTTGAAAGGGAA5'
     
    HPV16
    引物15'ACCGAAACCGGTTAGTATAAAAGC3'
    576
     
    引物23'TAAACGTTGGTCTCTGTTGACTAG5'
     
    HPV18
    引物15'CACACCACAATACTATGGCGCGCT3'
    360
     
    引物23'CGGTCTTTGGCAACTTAGGTCGTC5'
     
    HPV33
    引物15'GCAGTAAGGTACTGCACGACTATG3'
    413
     
    引物23'TGCTAAAGTATTATAAAGCCCAGC5'
     

      目前研究所采用的引物主要为上述几种,从而构成了HPV通用型诊断试剂和分型诊断试剂,其中,分型诊断试剂组成了5重性,即将HPV633各型引物混合在一起,一次PCR实验,即可对5种型别的HPV感染进行确诊.
      应用前景:PCR技术在诊断HPV感染和致癌研究中有其广阔的应用前景.现已应用于检测宫颈阴道组织细胞、阴肛部肿瘤、多种疣组织和口腔粘膜细胞中的HPV.由于该方法使简便快速,可应用于大范围内的流行病调查.
      PCR检测HPV的核心问题:是如何使PCR发挥其实际应用价值.以往,PCR应用于实际检测中的限制在于方法的繁琐与较高的假阳性,如何克服这两个问题是促成PCR临床实际应用的关键.从理论上讲,PCR方法可以变得更为简洁和定固化,亦即程序化,其结果应是100%的特异和可靠.所以,实际工作是可以解决好上述两个关键问题的.首先,应用于PCR的关键试剂为TaqDNA聚合酶和特异引物对,作为TaqDNA聚合酶,它对模板的种类要求不严,它有很强的适应性,活性范围亦很好(7079)因而它可对较为“粗糙”的标本进行较好的扩增,故样品的准备过程的程度对扩增反应本身来讲,影响不大,实践中我们对该过程进行了大量的简化及改造,从而获得成功,这极有利于PCR的常规化,易于为实验者所接受.另外重要的一点还有,简化及快速的PCR程序,对于防止假阳性更有利.因为PCR的假阳性经常是因为样品间的交叉污染及空气中的扩增污染造成的,简短,快速的实验程序能有效的的防止上述污染,这已为实践所证明.PCR引物的特异性取决于引物的设计,选择合适的扩增片段是设计引物的关键环节.
      总之,PCR检测HPV不管从特异性方面还是从灵敏性方面讲具有其经方法难以匹敌的优势,结果的可靠性及可信性应该是最好的,是最权威性的检测方法,加之本身方法的极大进步,对于扩充其应用领域极其重要。

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