（2）核酸置换杂交分析法 （Strand displacement assay）
它是在夹心杂交法的基础上改进的一种方法。先奖捕获探针连接在固相物上，然后在此探针上以微弱的结合方式杂交一个短小能产生信号的核酸，如果靶DNA能与捕获探针杂交可通过竞争置换出带信号的核苷酸片段，在检测过程中产生信号的单股核酸可转化为ATP，再加入荧光素酶，用生物发光分析法检测。其优点在于背景干扰小，敏感性强。缺点为不是所有捕获探针都能应用这种方法杂交，且信号探针会不断地从捕获探针上脱落。
（3）浸染棒法 （Dipstick assay）
它是夹心杂交法最新的一种改进方法。它用两种探针，其中一个进行标记，另一个是单核苷酸长链，如多聚腺苷酸。浸染棒上包裹与多聚腺苷酸长链探针能互补配对的碱基成分，即多聚胸腺嘧啶，尽管杂交反应在溶液中完成，但浸染棒是完成最后检测的固相支持物。它比薄膜法能更有效地减少背景干扰，提高检测效率。亦已用于沙门氏菌和李氏菌的检测。对荧光素标记探针可用辣根过氧化物酶标记荧光素抗体，通过比色法检测复合物浓度。
6.聚合酶技术（PCR）的原理及其发展
（1）PCR技术原理
为提高DNA探针的敏感性，可先将靶DNA序列扩增，增加DNA数量，使其达到足够的检测量，若反应以动力学为基础，则能定量分析。1983年Millus 和Cetus发明了最基本的扩增DNA或增加样品中特殊核苷酸片段数量的方法·聚合酶链反应即PCR法。PCR法建立在三步重复发生反应的基础上。①通过热处理将双股DNA变性裂解成单股DNA；②退火延伸引物至特异性寡核苷酸上；③酶促延伸引物与DNA配对合成模板，引物退火，变性DNA片段，引物杂交形成的模板可参与再次反应。溶液中核苷酸通过酶聚合成相互补对的DNA片段，并能重新裂解成单股DNA，成为下次PCR复制的模板。因此每次循环特异性DNA将以双倍量增加。典型扩增经过20�40次循环能引起100万倍的扩增。在PCR反应中引入Taq聚合酶使反应得以半自动化和简便反应程序。用扩增DNA进行的PCR反应具有无与伦比的优越性。如用同位素标记两种基因（Lac Z 和 Lam B）的，探针做PCR反应检测水源中E.Coli，检测量达到105 细菌/100ml。为快速准确的检测食品中污染的病原微生物带来一线曙光。
当然PCR也存在缺点，主要是系统容易受外源DNA的污染，并随样品中待检DNA一起扩增。特别是1990年Bottger发现某些Taq聚合酶被外源性DNA物质污染。另外试验中需要一定的特殊设备和熟练的操作技术，尚不能全自动化，需要花劳力制备待检样品。
（2）Qβ复制酶法
Gene-Tark改良了PCR方法，建立了Qβ复酶系统扩增法。这种命名是根据反应过程中起扩增作用的酶来确定的。通过探针与靶DNA相结合，系统以酶学方法促进扩增。该探针是含有一个模板区域的RNA探针，其三级结构称作MDV1。系统含有RNA指导的RNA聚合酶、Qβ和复制酶。扩增MDV-1的速度很快。每循环一次需15-20秒，共循环15-30分钟。千分之一含量的RNA可扩增到125-200ng，一亿倍扩增。由于大量合成RNA，用简单的比色法就能检测杂交反应。反应呈动力学特征，建立标准曲线，确定初始结合物浓度，就可做定量分析。缺点是酶易受污染，导致敏感性下降，背景干扰限制了方法的实际应用。
6.3．连续扩增反应法（Lar）
Lar是在PCR基础上的又一种改进，同PCR不同之处在于它不扩增单个核苷酸形成DNA分子，而是用一种称作T4DNA连接酶把两个寡核苷酸彼此相连。通过连接酶的作用，两者能相互交联，在这种情况下，同PCR反应一样，连结的寡核苷酸沿原始系列排列，并成为下次循环的模板。循环20-30次可把原始靶DNA含量增加100万倍。但它需对整个靶DNA序列事先有明确了解，否则一个碱基错配就会导致寡核苷酸相互连结的失败。
（4）转录放大系统（TAS/3SR/NASBATM）
1989年Kwoh等介绍了一种新技术，转录扩增系统（TAS），它是包括DNA合成和RNA转录的双重循环过程。它以变性DNA和一般RNA为引物的寡核苷酸靶序列，这个寡核苷酸上包含多聚酶结合部和与靶序列互补配对的片段。杂交时，引物与靶序列结合，反转录酶延伸引物与靶序列互相配对，热变性后，另外一个寡核苷酸退火成新股DNA。再加入反转录酶产生与新股DNA互补的双股DNA。并延伸原始的已退火的引物至另外一个靶序列上。加入RNA聚合酶，可以扩增RNA的拷贝数（10-1000）。因此方法仅需4次循环就能得到RNA分子1,000,000个拷贝数。
1990年Gualelli修正了TAS法，设计了一种称作自我片段复制扩增系统（3SR）。3SR与TAS不同之处在于，3SR是等温反应（37℃-42℃），需要降解RNA靶序列。如果包括最初变性这一步，3SR方法还是需要扩增DNA，RNaseH用于降解在TAS反应中形成的RNA-DNA杂合物，并转化成双股DNA。在双股DNA的每一末端都含有一个聚合酶结合部，双股DNA继续循环并作为合成RNA的模板，再次参加反应过程。15分钟就能放大100，000个拷贝。而PCR法即使有100%扩增效果也需要85分钟才能取得同样结果。
与PCR相比它不用热循环，因此不必调节反应温度，所有反应在一个反应管中完成。另外3SR能区分DNA和RNA，同其它扩增反应一样，3SR易受外源核酸的污染。由于反应所需的酶多，并且与其它方法相比，反应严格性低，所以特异性较差。
1989年Cangene发明了核酸片段扩增法（NASBMTM），此法已获得欧洲专利。据报导它能将100个分子的DNA扩增到100ug。
