归根结底，RNA工作的主要问题是防止RNA酶的污染。RNA酶无处不在，在实验操作的任何一步，任何偶然的疏忽或不妥当的操作都有可能造成RNA酶的污染，从而导致整个实验的失败。因此，严格控制实验条件，避免任何可能的污染，是保证实验成功的关键。为此，必须作到以下几点：
1.如果可能，实验室应专门辟出RNA操作区，离心机，移液器，试剂等均应专用。RNA操作区应保持清洁，并定期行除菌。
2.如果可能，在超净台中按照细胞培养的要求进行操作，可以有效避免操作中引起的RNA酶污染。
3.操作过程中应始终戴一次性橡胶手套，并经常更换，以防止手、臂上的细菌和真菌以及人体自身分泌的RNA酶带到试管或污染用具，尽避免使用一次性塑料手套。塑料手套不但常常造成操作不便，且塑料手套的多出部分常常在器具的RNase污染处和RNase-free处传递RNase，扩大污染。
4.避免在操作中说话聊天。也可以戴口罩以防止引起RNA酶污染。
5.尽量使用一次性的塑料制品，尽量避免共用器具如滤纸，tips，tubes等，以防交叉污染。例如，从事RNA探针工作的研究者经常使用RNase H，T1等，在操作过程中极有可能造成移液器、离心机等的污染。而这些污染了的器具是RNA操作的大敌。
6. 关于一次性塑料制品，建议使用厂家供应的出厂前已经灭菌的tips和tubes等。多数厂家供应的无菌塑料制品很少有RNA酶污染，买来后可直接用于RNA操作。许多研究者用DEPC等处理的塑料制品，往往由于二次污染而带有RNA酶，从而导致实验失败。
7.配制溶液用的酒精、异丙醇、Tris等应采用未开封的新瓶。
8.所有旧塑料制品都必须用0.5M的NaOH处理10分钟，用双蒸水彻底冲洗，DEPC-H20浸泡过夜后灭菌。
9.无法用DEPC处理的用具可用氯仿擦拭若干次，这样通常可以消除RNA酶的活性。但氯仿会溶解某些塑料制品，应当注意。
10.RNase AwayTM试剂可以替代DEPC，操作简单，价格低，且无毒性。只需将RNase AwayTM直接倒在玻璃器皿和塑料器皿的表面，浸泡后用水冲洗去除，即可以快速去除器皿表面的RNase，并且不会残留而干扰后继实验。
11.如果您需要远距离运输或长期储藏RNA样品，建议先将标本（细胞、组织）保存在RNA保存液（RNAwait、RNAlater）中，使细胞内的RNA与RNA酶分离，在室温可以保存7天，4℃可以保存4周，-20℃、-80℃可以长期存档保存标本，RNA质量不受影响，用各类方法抽提仍可以获得高质量的RNA。
