AFLP标记：
AFLP是RFLP与PCR两项技术相结合的产物，AFLP是RFLP与PCR两项技术相结合的产物，RFLP技术的主要步骤：DNA提取→有两种限制性内切酶酶切DNA→寡聚核苷酸接头的连接→对限制性酶切片段的选择性扩增 扩增产物的电泳分析。
由于不同材料DNA酶切片段存在差异，因而便产生发扩增产物的多态性。
AFLP标记技术具有多态性高、提供的信息量大、稳定性好等优点，但也存在假阳性带出现频繁、技术复杂、成本高等缺点。
SSR标记：
SSR标记又叫微卫星DNA标记，它是指基因组中存在的由2-5个核苷酸为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列，广泛分布于真核生物基因组中。
由于串联重复序列重复次数的不同就产生发等位基因之间的多态性，由于SSR两端多为相对保守的单拷贝序列，通过设计引物可以进行PCR扩增。
SSP标记具有共显性、高多态性和易于检测等优点，是一种理想的分子标记，早期设计SSR引物需要筛选大量的DNA克隆，发展微了星标记较为困难。
SNP标记：
SNP标记也是以PCR技术为基础的分子标记技术它是指不同生物个体基因组DNA序列之间单个核苷酸的差异，这种差异可以通过设计特异PCR引物扩增和电泳检测显示出来。
SNP标记是根据基因组测序结果发展起来的，因而它的数量非常丰富。检测SNP的最佳方法是新近发展起来的DNA芯片技术。
目前SNP作为一种的分子标记技术，已有2000多个SNP标记定位在人类染钯体上，在稻和大豆等植 物上也发展了一些SNP标记。
DNA分子标记在植物生物技术中的应用
DNA分子标记是现代植物生物技术中应用的重要工具，其应用主要包括以下几个方面：
构建高密度的遗传连锁图 ：在经典遗传学中由于遗传标记的数量较少，只能建立稀疏且分布不均匀的遗传连锁图。DNA分子标记数量丰富，为高密度遗传图谱的制作提供了可能，促进DNA指纹的分析。
进行基本定位：基本定位就是寻找与目的的基因紧密连锁的遗传标记并确定其在染色体上的位置，高密度遗传连锁图的建立使目的基因的定位更为方便。
遗传多样性和物种亲缘关系：分子图谱的构建和基因定位更加有利于遗传多样性和物种亲缘关系的研究。植物的遗传多样性是品种遗传改良的基础。
DNA标记可以覆盖整个基因组，能客观、准确地检测物基因组DNA水平的差异。
种质鉴定和遗传背景分析：利用DNA分子标记可以鉴别品种，评估品种纯度，分析农艺形状基因，分离和鉴别遗传材料，确定染色体同源性，对异源染色体和染色体结构畸变的检测。
育种中的分子标记辅助选择：长期以来，植物育种都是依植株的表型性状进行选择的。DNA标记的出现使植物育种从表型选择过渡到分子育种的新阶段。
