DNA分子标记的主要类型
在遗传学研究中广泛应用的DNA分子标记已经发展了很多种，一般依其所用的分子生物学技术大致可以分为两大类：
一类是以Southern杂交技术为核心的分子标记，（如RFLP），这类分子标记被称为第一代分子标记。
一类是以PCR技术为核心的分子标记，（如STS、RAPD、AFLP、SSR）等，这类分子标记被称为第二代分子标记；
单核苷酸多态性（SNP）标记被称为第三代分子标记 。它也是以以PCR技术为基础的分子标记技术。
主要的ＤＮＡ分子标记
RFLP标记:
RFLP标记是发展最早的DNA标记技术。RFLP是指基因型之间限制性片段长度的差异，这种差异是由限制性酶切位点上碱基的插入、缺失、失重排或点突变所引起的。
RFLP技术主要包括以下基本步骤：
DNA提取→用限制性内切酶酶切DNA→用凝胶电泳分开DNA片段→把DNA片段转移到滤膜上→利用放射性标记的探针杂交显示特定的DNA片段（Southern杂交）和结果分析。
RFLP遍布整个基因组，并且非常稳定，但RFLP实验操作繁琐，检测周期长，成本高昂，不适于大规模的分子育种，在植物分子标记辅助育种中需要将RFLP转换成以PCR为基础的标记。
STS标记：
STS是由特定引物序列所界定的一类标记。
在生物的基因组中常存在大量的单拷贝序列，根据单拷贝DNA两端的序列设计特异引物对基因组DNA进行PCR扩增，所产生的一段序列在基因组中往往只出现一次，从而能够界定基因组的特异位点，将RFLP片段两端测序，设计一对专一引物即可获得STS标记。 STS标记的检测包括PCR扩增和电泳两个步骤，实验操作非常简单；但将RFLP标记转移成STS标记以后，多态性会降低，因此需要再用限制性内切酶酶切扩增产物，产生扩增产物的RFLP，从而提高STS的多态性检测能力。
RAPD标记：
RAPD标记的基本原理是利用合成的随机引物（一般为8~10个碱基）对基困组DNA进行PCR扩增 ，然后电泳检测PCR产物的多态性。
RAPD扩增所需的模板DNA量少，实验操作简单；合成一套引物可用于不同实验室，不同物种的检测。
RAPD标记是一种显性标记，不能区分杂合与纯合基因型 ；RAPD检测受反应条件影响大，并且结果不稳定，重复因型；RAPD检测受反应条件影响大，并且结果不稳定，重复性较差。
