利用基因分型(Genotyper)软件将测定样品片段大小与同一凝胶的等位基因分型标准物（Ladder）进行比对，进行基因分型。
在基因扫描分析时，用四、五色荧光标记引物，根据扩增大小不同的片段电泳迁移率不同，扩增片段大小互不重叠的基因座用同种颜色标记。
扩增片段大小互相有重叠的基因座用不同种颜色荧光标记。
电泳图谱为黄、蓝、绿、红或橙色。红或橙色为内标（ROX、LIZ）是设计的等位基因片段大小标记物，在变性条件下产生一系列大小不同的DNA片段。
大小使用内标，消除泳道与泳道之间的相对误差，结果量化、准确、可靠。
图1-5 STR基因扫描胶图
图1-6 STR基因扫描基因分析图
