5.PCR-SSCP技术
单链构象多态性（Single Strand Conformational Polymorphism，SSCP）-聚合酶链反应（PCR-SSCP）是在完成目的DNA的PCR扩增后进行单链DNA多态性分析的一种技术。其原理是在不含变性剂的中性聚丙烯酰胺凝胶电泳时，单链DNA因碱基顺序不同所形成的构象不同，并引起在聚丙烯酰胺凝胶电泳条件下迁移率的不同。通过PCR扩增包括发生单个碱基置换部位及两侧DNA片段，变性后进行SSCP分析，从理论上可分辨出单个碱基的差异，有效地检出点突变和DNA的多态性，有利于探测新的等位基因。SSCP的主要优点是简单、快速，符合法医检测方面的要求。该方法的不足是会漏检一些突变，各实验室报道的突变检出率从35%～95%以上不等，而且该方法只适合检测小于300bp的DNA片段，DNA片段较长时突变检出率降低。同时SSCP突变检出率受温度、凝胶浓度、缓冲液的浓度等一系列条件的影响，需多次摸索实验条件。目前一些学者采用非连续性的凝胶（Discontinuous Phase –SSCP，DP-SSCP），MDE（Mutation Detection Enhancement）凝胶，与限制性内切酶联合使用将大片段切割为小片段后采用CE-SSCP技术检测。这些改进后的SSCP方法大大提高了该方法的突变检出率。
PCR-SSCP法的基本程序为：①目的片段扩增；②扩增产物变性；③非变性PAG电泳④结果显现与阅读。结果显现目前主要有放射自显影或银染或荧光标记的SSCP方法
6.DNA银染分型的技术
银染法是用于常规的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离扩增产物谱带的显示系统，银染液中的Ag+可以与DNA 形成稳定的复合物，在甲醛的作用下，Ag+被还原称银颗粒，谱带呈黑褐色。多基因座复合扩增产物电泳分离后，PAG凝胶直接用银染法显带。PCR反应中引物或底物dNTPs不经任何修饰，PCR扩增产物不带任何标记，银染显示各基因座等位基因没有基因座特异性，所以复合扩增体系中多个基因座的基因长度范围必须互不重叠。因受片段长度范围选择的限制，能够同时扩增的基因座个数有限或者仅用于单位点扩增。聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法具有操作简便、快速、灵敏和成本低等优点。
图1-4 银染结果图
7. STR基因扫描和分型技术
DNA序列分析仪利用激光荧光分析将DNA片段电泳分离与荧光扫描结合在一起，在电泳过程中即时记录片段的荧光强度与迁移时间。这种分析系统自动化程度很高。荧光标记STR基因扫描（GeneScan）分析是利用荧光标记的引物在PCR扩增STR基因座时，使PCR产物的一条链带上荧光标记。这种带有荧光分子的DNA 片段在凝胶中从阴极向阳极迁移，按片段长度大小排列，当迁移到阳极端的激光扫描仪的扫描窗口，荧光染料受到激发，发出一定波长的光，按荧光强度记录下来，每一个带荧光染料的DNA片段电泳轨迹按各自通过激光扫描窗口的实际时间被记录下来，以荧光吸收峰来表示每一个片段。峰值越高，表示该片段量越多；峰出现的时间与片段大小有直接关系，片段越小，峰越早出现。计算机保存所有片段通过扫描窗口的实际时间及其荧光特征。然后，根据同一泳道内标准分子量的迁移率得到每一泳道迁移的特征。然后，根据同一泳道内标的迁移率得到每一泳道迁移的标准曲线，计算出待测样品的分子量大小，其精确度为0.5bp。
