实验目的：了解掌握检测DNA 质量的方法以及DNA定量的方法；了解影响DNA在琼脂糖凝胶中泳动速率的因素；训练DNA的琼脂糖凝胶电泳操作及DNA的限制性内切酶操作。
实验原理：参见系列一中实验二；限制性内切酶的特点：见“基因操作原理”。
实验材料及试剂：水稻总DNA或BAC克隆DNA，琼脂糖，限制性内切酶DraI，EcoRI，EcoRV，HindIII
实验步骤：
1．取10µl DNA于0.8% 凝胶检测；
2．将DNA调节浓度至300-400 ng/µl ；
2．仔细阅读将所用的任何一种酶产品说明书，熟悉反应条件及酶切的贮存浓度（10U-50U/µl）厂家配套试剂；
3．计算据反应条件所需要的各种试剂准确用量：（0.5 ml tube中）
DNA(3-5µg)                                   10µl
10´ buffer reaction                        1.5µl
Enzyme (15 U/µl)                           0.8µl（冰上）
ddH2O                                       2.7µl
混匀，短暂离心；
4．37℃ 温浴1-2 hrs (纯DNA) 或10 hrs（粗制DNA）；
5．加入上样缓冲液终止酶切反应，也可65℃加热10 min使酶变性失活；
6．电泳检测酶切效率：
每个样品取1/10量用琼脂糖电泳检测，制胶及点样方法同上。
 
结果分析
若水稻DNA呈现均匀连续分布的一片，则酶切效果好，否则需重做； 
DNA被切烂：DNA降解，重新提DNA；
DNA切不动：杂质多（多糖，蛋白质，酚类，有机溶剂等），重新纯化；
若是BAC克隆DNA，酶切后应出现多条很清晰的不同大小DNA带。