3. DNA分子的构象
当DNA分子处于不同构象时, 它在电场中移动距离不仅和分子量有关, 还和它本身构象有关。相同分子量的线状、开环和超螺旋DNA在琼脂糖凝胶中移动速度是不一样的, 超螺旋DNA移动最快, 而线状双链DNA移动最慢。如在电泳鉴定质粒纯度时发现凝胶上有数条DNA带难以确定是质粒DNA不同构象引起还是因为含有其他DNA引起时, 可从琼脂糖凝胶上将DNA带逐个回收, 用同一种限制性内切酶分别水解, 然后电泳, 如在凝胶上出现相同的DNA图谱, 则为同一种DNA。
4. 电源电压
在低电压时, 线状DNA片段的迁移速率与所加电压成正比。但是随着电场强度的增加，不同分子量的DNA片段的迁移率将以不同的幅度增长, 片段越大, 因场强升高引起的迁移率升高幅度也越大,因此电压增加，琼脂糖凝胶的有效分离范围将缩小。要使大于2kb的DNA片段的分辨率达到最大,所加电压不得超过5v/cm。
5. 嵌入染料的存在
荧光染料溴化乙啶用于检测琼脂糖凝胶中的DNA, 染料会嵌入到堆积的碱基对之间并拉长线状和带缺口的环状DNA，使其刚性更强,还会使线状DNA迁移率降低15％。
6. 离子强度影响
电泳缓冲液的组成及其离子强度影响DNA的电泳迁移率。在没有离子存在时(如误用蒸馏水配制凝胶), 电导率最小, DNA几乎不移动, 在高离子强度的缓冲液中(如误加10×电泳缓冲液), 则电导很高并明显产热, 严重时会引起凝胶熔化或DNA变性。
试剂和器材
一、试剂：
l0×TBE缓冲溶液（0.89mol/L Tris–0.89 mol/L硼酸–0.025 mol/L EDTA缓冲溶液）：取
108g Tris，55g硼酸和9.3g EDTA（EDTANa2 · 2H20）溶于水，定容至1 000mL，调pH 8.3。作为电泳缓冲溶液时应稀释10倍。
6×电泳加样缓冲液：0.25％ 溴粉蓝，40％(w/v) 蔗糖水溶液，贮存于4℃。
溴化乙锭(EB)溶液母液:将EB配制成10mg/ml, 用铝箔或黑纸包裹容器, 储于室温即可。
二、 材料
λDNA: 购买或自行提取纯化；
重组pUC19质粒；
EcoRI酶及其酶切缓冲液；
HindⅢ酶及其酶切缓冲液；
琼脂糖(Agarose)。
二、 器材
电泳仪, 台式高速离心机, 恒温水浴锅, 微量移液枪, 微波炉, 琼脂糖凝胶成像系统。
