1、电泳介质pH值的影响
对于蛋白质和氨基酸等两性分子，电泳介质的pH值决定了它们所带净电荷性质和多少。pH值小于等电点，分子带正电荷，向负极泳动，如果pH值大于等电点，分子带负电荷，向正极泳动。pH值偏离等电点越远，分子所带净电荷越多，其泳动速度越快。当缓冲液pH值等于其等电点时，分子处于等电状态，不移动。由于血清蛋白质的等电点多在pH4-6之间，因此，分离血清蛋白常用pH8.6的巴比妥缓冲液或三羟甲基氨基甲烷(Tris)缓冲液。
2、缓冲液的离子强度
离子强度是表示溶液中电荷数量的一种量度。离子强度等于溶液中各种离子的摩尔浓度与其价数平方之积总和的一半
I = 1/2 ∑m iZ i 2 (10)
式中mi系离子的摩尔浓度，Zi为相应离子的价数。
例1 两个单价离子化合物（如NaCl）离子强度在数值上等于它的摩尔浓度，如0.05mol/L NaCl溶液的离子强度
I = 1/2 （0.05×12 +0.05×12）=0.05
例2 两个二价化合物（CuSO4）的离子强度在数值上等于它的摩尔浓度的4倍，例如0.05mol/L CuSO4溶液的离子强度
I = 1/2 （0.05×12 +0.05×12）=0.20
溶野种的离子浓度越大、或离子的价数越高，离子强度就越大。对缓冲液来说，离子强度过低主要是影响缓冲液的缓冲容量，不易维持介质pH的恒定；离子强度过高，带电粒子的电泳速度减慢。这是由于带电的生物大分子吸附溶液中的反电荷离子（图4-1）形成反离子氛，犹如大气层包围地球。距离中心离子愈近，反离子密度愈大；反之，密度愈小。根据反离子与中心离子结合的紧密程度不同，可将反离子层分为吸附层和扩散层。在电场的作用下，吸附层的反离子随中心离子一起泳动。离子强度越大，吸附层反离子越多，泳动粒子团的净电荷越少，泳动速度也就越慢。
3、电渗
在电场中，液体对于固体支持物的相对移动称为电渗。电渗是由于支持物带有电荷所引起的。支持物上的电荷使介质中的水感应产生相反电荷。如纸上电泳所用的滤纸纤维素带有负电荷；琼脂电泳中，所用的琼脂由于大量硫酸根的存在也带有负电荷，它们使水感应产生水合氢离子(H+3O)。在外电场的作用下，水向负极移动。如果被测定样品也带正电荷，则移动更快；如果被测定样品带负电荷，则移动减慢。所以电泳时，颗粒泳动所表现的速度决定于颗粒本身的泳动速度和溶液的电渗作用。因此在选用支持物时，应尽量避免高电渗作用的物质。
4、电场强度的影响
电场强度增高，带电粒子受到的电场力增大，泳动速度加快，但泳动率不变。
随着电场强度的增高，电流强度增加，产热也增多。产热的不良后果是：（1）引起水的蒸发，改变溶液pH 及离子强度；（2）引起介质温度升高，使蛋白质变性。因此电泳必需控制电压在一定范围之内，当进行高压电泳时，必需装备有效的冷却系统。
