下游应用为基因筛选、测序、突变检测和分子诊断等等的用户，对PCR保真性要求很高。
降低PCR扩增的错误率可以通过使用各种具有高保真性的DNA聚合酶来实现。
DNA聚合酶的保真度用错误率来表示，包括碱基错配率、PCR产物突变百分数等。
在目前已发现的所有耐高温DNA 聚合酶中，Pfu酶的出错率最低，保真度最高（见附表）。
除对酶进行选择，研究者也可通过优化反应条件来进一步减少PCR突变率，包括优化缓冲液组成、耐热聚合酶的浓度及对PCR循环条件进行优化等。
附表： DNA聚合酶的扩增错误率
|
耐热DNA聚合酶 |
碱基错配率 |
★PCR产物突变百分数（％） |
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Pfu DNA Polymerase |
1.3×10-6 |
2.6 |
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Taq DNA Polymerase |
8.0×10-6 |
16.0 |
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VentR ® DNA Polymerase |
2.8×10-6 |
5.6 |
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Deep VentR ® DNA Polymerase |
2.7×10-6 |
5.4 |
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Tfl DNA Polymerase |
8.3×10-6 |
16.6 |
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Tbr DNA Polymerase |
9.5×10-6 |
19.0 |
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ΜlTmaTM DNA Polymerase |
55.3×10-6 |
110.6 |
