不同生物（植物、动物、微生物）的基因组DNA的提取方法有所不同，不同种类或同一种类的不同组织因其细胞结构及所含的成分不同，分离方法也有差异。在提取某种特殊组织的DNA时必须参照文献和经验建立相应的提取方法，以获得可用的DNA大分子。尤其是组织中的多糖和酶类物质对随后的酶切、PCR反应等有较强的抑制作用，因此用富含这类物质的材料提取基因组DNA时，应考虑除去多糖和酚类物质。目前针对不同类型的细胞均开发除了相应的抽提试剂盒。
常规实验中从细菌基因组上PCR扩增目的基因时，一般所用的DNA量较少，可以采用较简单的沸水浴裂解法制备少量的DNA。在短时间的热脉冲下，细胞膜表面会出现一些孔洞，此时就会有少量的染色体DNA从中渗透出来，然后离心去除菌体碎片，上清中所含的基因组DNA即可用于PCR模板。而对于大量的基因组DNA制备（如Southern Blotting，需大量基因组），可采用试剂盒抽提。
3.2 试剂与器材
1. 试剂
（1）溶液I 碱溶法抽提质粒DNA
葡萄糖 50mM
Tris-HCl 50mM
EDTA 10mM
溶菌酶 5mg/mg 使用前加入
（2）溶液II 碱溶法抽提质粒DNA
NaOH 0.2M
SDS 1.0% 使用前用母液配制
（3）溶液III（pH5.5 3M KAc） 碱溶法抽提质粒DNA
5mol/L乙酸钾 60ml
冰乙酸 11.5ml
（4）苯酚饱和溶液
苯酚溶解后用10mM Tris（pH8.0）平衡至上清中的水相pH升至8.0
（5）氯仿
（6）异丙醇
（7）STET溶液 沸水浴抽提质粒DNA
蔗糖 8%
TritonX-100 5%
Tris-HCl (PH8.0) 50mM
EDTA (PH8.0) 50mM 使用前加入溶菌酶至终浓度0.5 mg/ml
（8）Buffer A 大肠杆菌染色体DNA的制备
Tris-HCl (pH8.0) 10mM
EDTA (pH8.0) 20mM 使用前加入溶菌酶至终浓度5 mg/ml
（9）SDS（10％）
（10）NaOH（2M）
（11）NaCl（5M）
（12）RNaseA（10mg/ml）
固体粉末溶于无菌水后煮沸10分钟，后冷却并分装于小管中-20℃保存
（13）冰乙醇（70％） 可用95％乙醇配制，-20℃保存备用
2. 器材
（1）eppendorf管，枪头
（2）移液器
（3）水浴锅
（4）离心机
（5）摇床
3. 菌种
（1）E.coli JM83 F’，ara, D(lac-proAB)，rpsL，(Strr)，F80 DlacZDM15
（2）pMD-phoA/JM83
