1.1.2.1识别位点
II类限制性内切酶的识别位点具有180°旋转对称的回文结构，常用的识别序列往往为6个碱基对，例如HindIII的识别序列：
其中一部分的识别序列某一或某两位碱基并非严格专一，但都在两种碱基中具有可替代性，这种不专一性并不影响内切酶和甲基化酶的作用位点，只是增加了DNA分子上的酶识别与作用频率，例如AvaI的识别序列就是典型的结构：
有的酶识别位点为4或5碱基对，如AluI、HaeIII和Sau3AI（见图1-2）等，在DNA上的出现频率则较高，而象Sau3AI切割DNA后产生的是粘性末端，且与BamHI切割后的粘性末端相同，为大规模克隆提供了可能。实际应用中利用Sau3AI高频现象，结合DNA的部分酶切策略进行研究也是常用的实验手段。
图1-2 限制性内切酶的命名原则与示例
另外一些不常见的酶识别位点相对较长，在DNA链上出现频率也相对较低，如FseI（5’-GGCCGGCC-3’），出现频率为1/48 = 1/65kb。实际上由于不同生物体的DNA碱基含量不同，酶的识别位点的分布和频率也不同。大肠杆菌基因组中AT含量较丰富，所以富含AT的识别序列（如DraI：5’-TTTAAA-3’；PshBI：5’-ATTATT-3’；SspI：5’-AATTAA-3’）较为频繁的出现，而链霉菌基因组因GC含量高，相应的富含GC碱基对的识别序列（NaeI：5’-GCCGGC-3’；SmaI：5’-CCCGGG-3’；SacII：5’-CCGCGG-3’）较常见。
1.1.2.2粘性末端
限制性内切酶切割DNA产生的末端根据被切开的DNA末端性质的不同（不考虑碱基序列）可分两大类：平端和粘端，而后者又可分为3’-OH突出或5’-P突出两种，分布情况见图1-3，故DNA分子的连接通常发生在同种限制性内切酶酶切后的DNA间。
图1-3 DNA酶切产生的三种末端
实际上DNA重组应用中，由于不同限内酶酶切能产生相同粘性末端，因此DNA分子的连接可发生在不同限内酶之间，常见的DNA分子连接情况见图1-4。而在重组工作中如没有合适的酶切口产生相同的粘性末端，则可对酶切后的突出粘性末端进行补平，采用平头连接策略。
