一、DNA Southern Blot及杂交
本技术可用于基因组DNA特定序列定位,尤其可分析某些基因的限制性内切酶长度多态性,对遗传性疾病的早期基因诊断、产前诊断或基因变异等方面的研究有应用价值,其过程包括:样品DNA内切酶水解、水解片断的琼脂糖凝胶电泳分离、分离后水解片断的转移(固定)、特异性DNA片断的分子杂交及放射自显影。
(一)样品DNA内切酶水解
限制性内切酶(RE)可裂解双链DNA,每种酶其特点是具有高度特异性的DNA裂解点和不同电离子强度的特殊反应条件。不同产品其反应条件不同,应根据说明书操作。单位(U)RE活性是在37℃ 1小时内能将1μg DNA所有特异性位点切断的酶用量。若用两种以上不同的内切酶,要注意RE的最适盐浓度,要由低向高逐级添加适量盐逐个进行DNA切割。
1、配液:10×限制性酶消化缓冲液
10×buffer O—无盐:100mmol/L Tris HCL pH7.4
1mg/mL BSA
100mmoL/L MgCL2
10mmol/L DTT(二硫苏糖醇)
10×bnffer L—低盐:缓冲液O
0.5mol/L Nacl
10×bnffer H—高盐:缓冲液O
1.0mol/L Nacl
2、操作步骤:
(1)将DNA(0.2~1.0μg)溶液加入EP管中,并加入适量H2O总体积为18μL,混匀。
(2)加入2mL 10×限制酶缓冲液,根据厂家建议的盐浓度选择不同的缓冲液。
(3)加1~2U限制性内切酶充分混合。
(4)37℃温育适当时间,时间需先进行预试验,摸索所需消化的时间,通常用琼脂糖凝胶电泳鉴定,酶解充分,各片断分子量从大到小分布均匀。
(5)加入0.5mol/L EDTA pH8.0使达到终浓度为10mmol/L终止反应。
(6)消化后的DNA直接进行琼脂糖电泳,方法同前,可用于分析或Southern Blot。
(二)Southern Blot及杂交。
将经电泳走在琼脂糖中的DNA变性、中和后,以毛细管作用在高盐缓冲液中转移至硝酸纤维膜上,再用放射性探针检测与之杂交的DNA。
1、配液:
(1)变性溶液:1.5mol/L Nacl 0.5mol/L NaoH
(2)中和溶液:200mL 20×SSC
100mL 1mol/L HCL
100mL 1mol/L Tris HCl pH8.0加水至500mL。
(3)20×SSC: 在800mlH2O中溶解175.3g Nacl和88.2g柠檬酸钠,加入数滴10mol/L NaoH调pH至7.0加水至1000ml,高压消毒灭菌。
(4)预杂交液:12.5mL 1mol K3 PO4 pH7.4
125mL 20×SSC
25mL 100×Denhardt’S溶液
5mL 5mg/mL鱼精DNA
250mL 100%去离子甲酰胺
82.5mL H2O(总体积为500mL)
(5)100×Denhardt’S液:10g聚蔗糖(Ficoll400)
10g聚乙烯吡咯烷硐
10g牛血清白蛋白(组分V)
加H2O至500ml
2、操作步骤(如图20-1):


