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DNA重组实验
作者:hghgblog 来源:hghg.bokee.com 时间:2006-8-25

     

    实验目的

    要获得表达的基因AKP,必须构建重组子。

    我们通过以下的方法构建重组DNA,转入受体菌,就可以表达出目的基因。

    之所以重组子要进入细胞,是因为大肠杆菌中有修饰的机制,可以在转入表达载体时不被降解,高效表达。

    实验原理及过程

     

    实验步骤

    实验原理

    1 双酶切(单位:μL

    管 核酸 buffer ddH2O Hind III BamH I

    1  15(AKP) 2    0      2       1

    2  10(质粒)2    5      2       1

    37℃酶解3小时

    在此体系中,我们用Hind III 和BamH I这两种限制性内切酶来切目的基因,这样会产生两个不同的粘性末端,这时候如果插入目的基因,可以保证目标序列插入的方向并提高效率。

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    2 酶切产物的纯化和回收

     

    1)    

    向酶切体系的管中加入60 uL 溶液A(6mol/L NaClO4, 0.03mol/L NaAc,pH 5.2)和 15 uL溶液B(3mol/L NaAC, pH 5.2),充分混匀。

    高盐上样。

    2)    

    将溶液置于离心柱中,静置5min。

     

    这是一个类似于吸附层析的过程。DNA会特异的吸附于硅质的薄膜上,故可以起到分离的效果。

    高盐能促进吸附。

    3)    

    8,000 rpm,离心30秒,弃液体。

     

    4)    

    加入500 uL溶液C(用时一定按照 1:2 的比例加入无水乙醇,混匀后使用)于离心柱中, 8,000 rpm,离心30秒,弃液体。

    此步骤是洗涤。

     

    5)    

    重复步骤4。

    再次洗涤。

    6)    

    12,000 rpm,再离心60秒,去残余的乙醇。

    将剩余的乙醇尽量完全甩出去。

    7)    

    超净台中凉干。

    挥发乙醇。

    8)    

    加入25uL 溶液D(TE) ,500C 保温5min。

     

    此步骤是解析。
    DNA释放到溶液中,离心的方法可以将DNA纯化。
    低盐有利于解吸附。

    9)    

    12,000 rpm离心2min,管底溶液即为所需的DNA。

     

    10)     

    1%琼脂糖,0.5 x TBE ,5 uL 样品,80V 恒压电泳,检测AKP和载体的相对浓度。

     

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    为了使质粒和目标基因浓度比例在1:3到1:10之间,所以先用电泳的方法预先了解一下样品的浓度,然后再连接。

    当质粒与目标基因比例合适时,可以由高的连接率,有效降低自连的发生。另外,酶的浓度过高还会有星号活力。

    3连接(单位:μL

    AKP 质粒 buffer ddH2O T4DNA连接酶

     15   2    2      0         1

    14℃连接过夜,之后-20℃保存,用于转化受体细胞。

    由电泳结果显示,我的质粒切得并不好,所以我用了本组另一名同学的质粒。他的质粒浓度高且纯净,所以用2μL就足够。我总共用20μL体系。

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    4目的基因转化及筛选

    将连接好的质粒转入菌NovaBlue中(两个阴性对照),具体方法见试验一报告。

     

    培养NovaBlue要用1/1000的Tet

     

    在预制的LB琼脂平板上,加40uL Xgal(20mg/mL )和40uL IPTG(20mg/mL)溶液,均匀涂布于琼脂平板表面。

     

    将复苏后的菌液离心,抽出0.8mL上清,剩余的细胞和上清液混匀,取100uL细胞悬液涂布在上述含Tet,Carb抗生素的培养皿中,平板向上静置30min,倒置培养过夜。

    因为NovaBlue中含有f质粒,它是抗Tet的,加入1/1000的Tet可以提供一个竞争压力,才能使这个质粒不丢失,这个菌株才能在有Tet的培养基中生长。

    NovaBlue编码Tet诱发的promoter的RNA polymerase,培养基中有Tet,而petBlue中的Tet诱发的promoter可以按其启动方向转录出lacZα肽,NovaBlue中又含有lacω肽。这样就可以用互补α筛选出重组菌。

    Xgal和IPTG较贵,只涂在培养基的表面,可以节省成本。

    之所以将复苏后的菌液离心,抽出0.8mL上清,剩余的细胞和上清液混匀,取100uL细胞悬液涂布是因为重组成功的菌数量是很少的,这样可以增加平板上的菌的数量,有利于筛选出我们要的重组子。

    5重组子的筛选

    1)

    质粒DNA提取

    方法同实验二

    挑取重组子是要挑取蓝斑周围的白斑

    很多白斑的产生都是因为Xgal或IPTG之一没有涂均匀,而蓝斑周围的白斑很可能是因为重组子造成的,这样是假阳性的几率会比较小。

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    2)

    酶切(37℃,1h)

    重组质粒

    buffer

    ddH2O

    4μL

    1μL

    2μL

    BamHI

    HandIII

    2μL

    1μL

    酶切结果可以分析是否是真阳性。

    具体分析见电泳结果分析

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    3)

    电泳分析重组质粒

    1%琼脂糖,0.5xTBE, 80V恒压电泳

    未酶切质粒(用未重组的质粒作为Marker)

    3uL质粒 + 0.5 uL 10 x loading  + 0.5 uL SYBR

    酶切质粒(用标准DNA分子作为Marker)  

    8 uL质粒 + 1 uL 10 x loading  + 1 uL SYBR

    电泳跑两排,前面的跑切过质粒,后面的跑没切过的质粒。因为没有被切过质粒分子量大,跑得慢,所以这样就不会追上前面的,这样可以电泳更长的时间,增大分辨率。

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    4)

    重组子转化表达菌株

    取电泳检验过得真阳性菌提出的质粒做感受态(菌用DE3placI),复苏后涂平板,平板上要加葡萄糖和Cam,Carb

    overnight

    葡萄糖可以抑制lacI本底表达。

    DE3placI是含有T7RNA polymerase,而petBlue含有T7promoter,这个方向的转录可以才可以按正确的顺序表达目的蛋白。

    DE3placI有Cam的抗性基因。Cam既可以稳定petBlue的f1区,也可以竞争抑制杂菌。

     

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