(5)高效过滤器的更换和检漏问题，特别是排风高效过滤器。排风高效过滤器更换前必须首先消毒灭菌，设计和安装时必须考虑消毒问题，同时便于更换。为了确保环境安全，排风高效过滤器也应考虑检漏的可能性，或采取其他确保不泄露的措施。我国很多P3实验室没有做到这一点。
(6)室内安装分体空调或立柜式空调器，这在生物类洁净室中是不允许的，因为空调器中的换热器事实上是一个微生物孳生装置，严重污染实验室环境。有些施工单位虽然不把分体空调或立柜式空调器安装在实验室内，而是安装在邻近房间，用风管进行送风。但由于高级别生物安全实验室必须采用直流风，而普通空调的换热器是按室内循环风设计，达不到直流风要求的大焓差，再加上为了降低造价，设备容量没有富裕，根本达不到要求的室内温度。在高级别生物安全实验室做实验需要穿特制的防护服，有时需要穿多层，如果温度达不到要求，实验人员的感受会可想而知。
除此以外，还有更令人啼笑皆非的例子，如把三级生物安全实验室建成正压实验室，不按规定安装防火阀，选用净化工作台来代替生物安全柜，用安全柜的排风代替房间排风等，这些都是严重的错误。普通净化工作台与生物安全柜工作原理和用途完全不同，根本无法保护人体免受微生物感染，是十分危险的。
以上仅是一些例子，由此可以看出国内生物安全实验室建设市场的混乱。为了杜绝这些现象的发生，除了制定相关的规范标准，让设计和施工单位有“法”可依外，还应建立相应的管理、检测、认证机构，以确保生物安全实验室的建设质量。
6、设备备用问题
(1)没有设置备用电源。如三级生物安全实验室要求双路独立供电，或采用备用发电机组，而四级生物安全试验室要求有第三备用电源。条件不具备时需要另设不间断电源，不间断电源的供电能力要求不少于45分钟。有的三级生物安全试验室仅采用普通市政供电，没有任何备用措施，显然不满足要求。
(2)排风机的备用问题。为了保证实验室内在任何情况下都保持负压，三级、四级生物安全实验室的排风系统要求应设置备用排风机，但很多工程没有设置。更有甚者排风系统没有备用风机，但送风设置了备用风机。
7、系统的调节和控制功能
系统的调节和控制功能。为了严格保证实验室内各个区域内的压差和压力梯度，送风和排风系统上应安装必要的风量调节装置，而不能用普通调节阀代替。有些工程生物安全柜和房间的排风没有经过严格的设计计算，在系统调试时不能满足设计要求的压力梯度，或压力梯度不稳定。
没有完善的自控系统，缺少应对突发事件的能力，也是目前已竣工实验室的一个主要问题。虽然竣工验收时各区域的压力梯度可以调整到满足要求，但在实际运行过程中，由于高效过滤器阻力变化，缺乏专业运行管理人员等原因，没有自控系统的实验室不能确保压力梯度。因此必须重视生物安全实验室的自控系统。
8、要重视工程检测
生物安全实验室竣工后，首先应经过国家授权的检测机构的检测，这是很重要的一个环节。检测的内容应包括实验室的严密程度、各个房间之间的负压值、空气气流流向、高效过滤器检漏、洁净度级别、自控系统等多个方面。
9、其他注意事项
严禁把生物安全实验室建成正压实验室，应按规定安装防火阀，严禁用净化工作台来代替生物安全柜，严禁用安全柜的排风代替房间排风等。普通净化工作台与生物安全柜工作原理和用途完全不同，根本无法保护人体免受微生物感染，这是十分危险的。
