物理隔离有效减少负荷
"物理隔离优先"也是生物净化中减少生物负荷额最有效设施之一，它是指用实体将污染源隔离。
无菌病房保护对象是免疫低下的患者，对他人与环境是无害的，"污染"患者的是他人发菌与环境中空气浮游菌，采用的是Isolation（意即分开、脱离、隔绝）的措施。而像生物安全实验室、烈性呼吸道传染病隔离病房等场所的处理对象对他人与环境有害，强调采用Containment（意即限定、围堵、密闭）的措施，将有害微生物隔离在尽可能小的范围内。生物安全实验室规范要求将有害微生物一级隔离在生物安全工作台，还要求将主实验室作为二级隔离，也可理解为首先将有害微生物围堵在生物安全工作台，然后将主实验室作为第二道围堵。
GB50346-2004《生物安全实验室建筑技术规范》要求将高效过滤器设置在围护结构的排（回）风口上，其本意是要将污染范围限定在最小范围内，以防止进入系统（包括管路与机组）扩大了污染的范围。由于高效过滤器承担了阻止致病菌向外渗漏的重则，只要有一丝的渗漏，致病菌就有可能逸出，后果不堪设想。为了防止在长期运行过程中因高效过滤器表面密封条弹性降低或老化还要求定期测试，因此对排（回）风口内高效过滤器的检查泄漏要求特别高，需要留有较大的空间，以便人员进入检查泄漏。另外由于高效过滤器表面聚集了高致病性微生物，为防范更换时对维修人员的伤害，除了要求维修人员身穿防护服外，还要求将高效过滤器设置具有可"袋进袋出"结构的特殊排风装置，以防止维修人员直接接触高效过滤器。国外这种"袋进袋出"排风装置的结构特殊，很重、很大，无法直接安装在排风口，有些规范不得不容许将排风装置设置在管路中间。还要强调的是，在更换高效过滤器时先要将管路进行消毒。
目前，国内已经开发出"动态气流密封负压排风装置"，通过了鉴定并成功地用作三级生物安全实验室的排风口，理论、实验以及使用都证明，这种专利排风口在任何时候均不可能出现渗漏。如果在围护结构上采用这种排风口，将有害气溶胶围堵在主实验室内，管路与机组就不存在微生物污染，没有必要进行复杂消毒，只要强调在排风过滤器消毒与安全更换就行了。
长期持续环保
现代无菌室凸显优势
生物洁净技术的出现使无菌室的建造突破了以往无法实现长期、持续、环保的有效控制的局面，从而使现代的无菌室显出了无以伦比的优势。
原有无菌室多有不足
过去的无菌室一直是采用密闭、消毒、低温、单室控制的手段，虽然室内的微生物浓度也许一时能够达标，但是由于不可能有效消毒室内空气、消除室内人员发菌、阻止室外空气的渗透，是无法维持无菌室长期、持续、有效的控制，尤其是高度无菌控制场所。为此不得不准备两间无菌房间，一间使用，另一间消毒待用，如使用房间微生物浓度偏高，马上转移到另一间待用房间，再去消毒原使用的房间，然后再转入待用。长期的化学消毒对人的皮肤、神经系统、胃肠道及呼吸道有一定的不良影响，甚至损伤患者的免疫系统；容易抑制正常菌群，破坏菌种平衡，并产生耐药菌株，还会造成环境的化学药物残留，因此不是一种可持续发展的技术。
现代无菌室强调全程控制
生物洁净技术提供了完全不同的四种措施，实现了现代无菌室：强调除菌控制保证送入洁净无菌的空气；强调气流控制稀释或排除人员发菌；压差控制消除了室外污染空气的渗漏；区域控制提供了一个综合保障的措施。
现代无菌室与过去的无菌室的最大的区别在于对控制的认识与要求。比较以上两种思路，可见生物洁净技术改变了过去注重最终的无菌程度，或者通俗讲将微生物浓度达标看成是无菌室合格的惟一标准的看法，而将对最终结果的控制转变为对送风、室内污染、室外渗透等各个影响因子的控制，以及对全过程的控制，建立起一套动态保障体系，这样才能实现一种长期、持续、有效的控制。由于生物洁净技术靠过滤除菌、气流、压差等物理手段不会对人与环境任何危害，是一项环保技术。
