消除一次污染是关键
虽然人们已经认识到了化学消毒灭菌的局限性，并开始借助工业洁净技术这一物理手段来控制微生物污染，并取得一定效果，但是其思路依然是将已经发生的病菌除掉。工业洁净室从来不会顾及沉积在系统或室内的没有生命的微粒（或称为一次污染），也没有考虑由此会发生微生物二次污染。事实上，微生物在不利环境中会长期的潜伏，一旦条件合适就会大量繁殖。
生物洁净室常常湿负荷比较高，系统去湿量大，只要整个系统中存在一次污染就可导致长期持续的潜在风险。如果我们控制措施不力，就有可能使这种潜在风险显现出来，从而出现微生物的污染。
目前生物净化所用的空调机大多采用普通空调机组增加空气过滤器等措施来控制生物污染。大量事实表明，单纯的净化除菌无法有效地控制生物污染，因为在普通空调系统中确实存在微生物定植、繁殖与传播这一关系链，空调箱和管道内表面、冷却去湿盘管、冷凝水盘与排水水封、加湿器及其存水容器、空气过滤器表面等地方均有可能促成致病菌的不断定植和繁殖。另外，引发生物污染的因子是不存在最小的控制粒径的，单靠过滤器难以防范。
如果微生物在系统中（尤其在过滤器表面）繁殖产生的生物污染因子直接进入送风气流，不一定会形成生物粒子，这些微生物及其代谢物大多粒径很小，可被空调送风源源不断送到每间房间，形成了空调系统的二次污染。尽管近年来国内外相关标准都提高了末端空气过滤器的效率，但仍然不能保证除掉全部的微生物及其代谢物。由此可见，控制微生物污染的关键措施不是高效过滤器，而是不让微生物滋生，更不应等它发生后才考虑去除掉它。
减少微生物污染负荷是根本
暖通空调是一项耗能的环境控制手段，虽然确实具有对室内环境控制的有利作用，但同时还会产生许多负面影响。降低微生物污染负荷、减少暖通空调系统的容量，不仅能减少投资与降低运行费用，而且更是创造良好的室内环境的一条重要思路。
勿对通风设备要求过高
对于室内微生物环境控制，更应该重视降低生物污染负荷，消除或减少其传播可能性，这对有效降低或减轻空调控制空气途径传播的要求与范围至关重要。更合理平面布局与人流、物流设计可以最大程度降低生物负荷和相应风险，也可有效降低造价与运行费用。如果不强调减少微生物污染负荷，而要求通风空调机组全部承担杀灭致病菌和控制空气途径传播，是很不切合实际的，这需要更大风量、更高压差控制。这种情况下，通风空调机组有可能变成一个空气消毒器，源源不断将消毒后的空气送到整幢大楼的每个房间，不但其造价与运行费用难以承受，对环境控制也并非一件好事。所以，千万不要去要求用家用空调器应对各种传染性疾病的暴发以及生化袭击等突发公共卫生事件。
节能与环保是永恒主题
相对于普通空调来说，生物净化空调的耗能更多，因此降低生物污染负荷对于生物净化是一件事半功倍的有效措施。由于暖通空调工程师对控制对象不熟悉、要做好它并不易。因此一定要了解控制对象，强调根据控制的对象微生物的要求提出适用的暖通空调技术，切不要盲目提高要求，扩大功能与控制范围，否则相应付出的代价不堪负担。一个典型的案例就是，SARS疫情期间其病原体一开始被作为不明病毒处理，其控制参数与设施要求很高，后来明确SARS病毒主要是通过飞沫传播，相应控制要求马上就降下来。再后来又可以在充分除菌的基础上容许自循环，隔离病房的造价与运行费用就大幅度下降。
