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引物设计软件oligo应用简介
作者:未知 来源:丁香园 时间:2006-3-29

     

    出现以下窗口,图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq,其中Frq是6.0版本的新功能,为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。

    该频率高则可增加错误引发的可能性。

    因为分析要涉及多个指标,起动窗口的cascade排列方式不太方便,可从windows菜单改为tile方式。

    如果觉得太拥挤,可去掉一个指标,如Frq,这样界面的结构同于Oligo 5.0,只是显示更清楚了。


    ∆G值反映了序列与模板的结合强度,最好引物的∆G值在5’端和中间值比较高,而在3’端相对低(如图:)
    Tm值曲线以选取72℃附近为佳,5’到3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标,揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时,宜选用3’端Frq值相对较低的片段。 
     

    再点击Search再点“Fo'r Primers and probes”或使用快捷键F3

    出现以下窗口,点OK就OK了。当然你也可以点击“Prameters”和“Search Range”选择你要的参数和你上下游引物的位置及你扩增产物的长度。
     

    出现Search Status窗口,点“OK”

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