在诱导外植体形成不定芽时，一般使用细胞分裂素高于生长素比值的激素配比，少数情况下也采用二者比值接近1的配比。常用的细胞分裂素是6-苄基嘌呤，激动素和玉米素，浓度范围一般在0.1～10.0毫克/升。生长素是萘乙酸、吲哚乙酸和吲哚丁酸，其浓度范围与细胞分裂素相同。为了使外植体形成不定芽，外源激素的供应只是一个方面，器官分化的性质还要决定于内源激素的状况。因此，对于不同的植物，使用的激素种类和浓度常有较大的变化。在具体操作时，应参考已有资料或相近种类的已有结果，以确定适当的浓度和配比。
胚状体的诱导形成
在自然界只有少数植物可以由珠心产生胚状体。在培养条件下，现在已有30多个科的150多种植物可以产生胚状体。在诱导胚状体的形成时，其外植体一般取自胚、分生组织或生殖器官。为了获得胚状体，在培养过程中，培养基中应含有丰富的还原氮，并加入生长素（主要是2，4-D）诱导胚状体的发生。待胚状体发生后，要转移到降低浓度或没有生长素的培养基上进行培养，使胚状体成熟和生长。
胚状体途径的优点是增殖率高，而且胚状体既具胚芽又具胚根。因此，可免去生根这一步骤。但目前很多重要作物还不能形成胚状体，或产生的胚状体难以形成植株，另外胚状体遗传性也容易发生变异，所以目前除柑桔（Citrus）、油棕（Elaeis guine-ensis Jacq.）和咖啡（Coffea）等少作物外，都不采用这一途径。
步骤三：生根
生根是获得完整植株的一个关键。通过侧芽和不定芽途径产生的芽长成嫩枝后（此时的嫩枝叫试管苗），必须诱导生根才能移植。促使试管苗生根的方法通常有两种。一种是在固体培养基上诱导生根。当试管苗长到2～3厘米高时，将它从基部切下，转移到只含0.2～0.5毫克/升的萘乙酸或吲哚丁酸的固体培养基上生根。另一种是浸泡的方法，将切下的无根试管苗泡在含有高浓度生长素溶液中，生长素浓度为100毫克/升左右，浸泡时间从几小时到1天，然后取出接种于不加任何激素的MS培养基上，十天左右即可生根。
以上两种方法，在更换培养基后，经过几天，都要将试管苗的瓶口打开，上盖1～2层纱布，以便于通气。并要适当加强光照，以增加试管苗的自养能力。
步骤四：移栽
当试管苗的根原基突起或形成几毫米长的短根时，将其取出，洗去琼脂，载入有少量营养的人工基质中。移栽后，保持高湿度，避免阳光直射和过大的温度波动，经过一段逐步锻炼的过程，再定植到土壤中。
在移栽过程中，试管苗的环境条件发生了剧烈的变化，其本身又从异养变到自养，叶的光合作用和根的吸收作用需要逐渐发展。因此移栽时要小心控制，使试管苗逐步锻炼，最终能在土壤中生活。
