引物浓度
引物的浓度会影响特异性。最佳的引物浓度一般在0.1到0.5μM。较高的引物浓度会导致非特异性产物扩增。为了确定引物浓度，可以在260nm（OD260）测量光密度值。然后使用光吸收值和微摩消光系数的倒数（nmol/OD），通过Beers法则（公式1）计算引物浓度。
微摩消光系数可以使用公式2计算。与大分子双链DNA可以使用平均消光系数不同，确定引物的精确浓度必须使用计算的消光系数。这是因为引物较短，碱基组成差异很大。在Gibco/BRL定制引物的质检报告中包含了消光系数（OD/μmol）和消光系数的倒数（μmol/OD）。另外，不要使用寡聚核苷酸作为标准，在EB染色的胶上估算引物浓度，因为引物和标准的染色能力根据序列不同而差异很大。
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| 公式2 |
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引物纯度和稳定性
定制引物的标准纯度对于大多数PCR应用是足够的（表6）。使用Invitrogen™ Parallel Array Synthesis™技术，不必除盐。同其他方法相比，在Parallel Array Synthesis™技术中，通过脱盐而除去的苯甲酰基和异丁酰基很少，因此不会干扰PCR。部分应用需要纯化，以除去在合成过程中的任何非全长序列。这些截断序列的产生是因为DNA合成化学的效率不是100％。这是个循环过程，在每个碱基加入时使用重复化学反应，使DNA从3’到5’合成。在任何一个循环都可能失败。较长的引物，尤其是大于50个碱基，截断序列的比例很大，可能需要纯化。
| Application | Minimum Suggested Purity |
| PCR | Standard |
| First-strand cDNA synthesis for RT-PCR | Standard |
| AFLP® technology | Standard |
| PCR using primers with 5' sequences (restriction endonuclease sites,RNA polymerase promoter sites,etc) |
Cartridge |
| PCR primers > 50bases | PAGE |
| Cycle sequencing | Standard |
| Isothermal sequencing | Desalted |
| Site-directed mutagenesis | Cartridge |
| CFLP™ techmology | Desalted |
引物产量受合成化学的效率及纯化方法的影响。Invitrogen?以一个最小OD单位确保总寡核苷的产量（表7）。定制引物以干粉形式运输。最好在TE重溶引物，使其最终浓度为100μM。TE比去离子水好，因为水的pH经常偏酸，会引起寡核苷的水解。
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| Note:For primers > 50 bases, PAGE purification is recommended and HPLC is not an option. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| NA is not available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| *These Yields are seen with the following 5' modifications: biotin, fluorescein(FITC), rhodamine, primary amines(NH2), phosphate(PO4), HEX, TET, FAM, and phosphorothioates(S-Oligos), Other modifications may have slightly lower yields. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
引物的稳定性依赖于储存条件。应将干粉和溶解的引物储存在-20℃。以大于10μM浓度溶于TE的引物在-20℃可以稳定保存6个月，但在室温（15℃到30℃）仅能保存不到1周。干粉引物可以在-20℃保存至少1年，在室温（15℃到30℃）最多可以保存2个月。
