十 当前面临的困难
尽管基因芯片技术已经取得了长足的发展，得到人们的瞩目，但仍然存在着许多难以解决的问题，例如技术成本昂贵、复杂、检测灵敏度较低，重复性差、分析泛围较狭窄等问题。这些问题主要表现在样品的制备、探针合成与固定、分子的标记、数据的读取与分析等几个方面。
1样品制备上，当前多数公司在标记和测定前都要对样品进行一定程度的扩增以便提高检测的灵敏度，但仍不少人在尝试绕过该问题，这包括Mosaic Technologies公司的固相PCR扩拉体系以及Lynx Therapeutics公司提出大量并行固相克隆方法，两种方法各有优缺点，但目前尚未取得实际应用。
2 探针的合成与固定比较复杂，特别是对于制作高密度的探针阵列。使用光导聚合技术每步产率不高（95%），难于保证好的聚合效果。应运而生的其它很多方法，如压电打压、微量喷涂等多项技术，虽然技术难度较低方法也比较灵活，但存在的问题是难以形成高密度的探针阵列，所以只能在较小规模上使用。最近我国学者已成功地将分子印章技术应用探针的原位合成而且取得了比较满意的结果。
3目标分子的标记也是一个重要的限速步骤，如何简化或绕过这一步现在仍然是个问题。目标分子与探针的杂交会出现一些问题：首先，由于杂交位于固相表面，所以有一定程度的空间阻碍作用，有必要设法减少这种不利因素的影响。Southern曾通过向探针中引入间隔分子而使杂交效率提高于150倍。其次，探针分子的GC含量、长度以及浓度等都会对杂交产生一定的影响，因此需要分别进行分析和研究。
4信号的获取与分析上，当前多数方法使用荧光法进行检测和分析，重复性较好，但灵敏仍然不高。正在发展的方法有多种，如质谱法、化学发光法等。基因芯片上成千上万的寡核苷酸探针由于序列本身有一定程度的重叠因而产生了大量的丰余信息。这一方面可以为样品的检测提供大量的难证机会，但同时，要对如此大量的信息进行解读，目前仍是一个艰巨的技术问题。
5基因芯片的特异性还有待提高。最近Affymetrix公司生产的基因芯片采用瓣的技术，已大大提高检测的特异性，估计在今后几年内基因芯片的特异性将大大提高。
6如何检测低丰度表达基因仍是目前一个重要问题。基因芯片要保证其特异性、但又要保证能检测低丰度表达的基因，目前尚未解决这一问题。因为许多低丰度表达的基因，也可能表达出主要执行效应功能的蛋白质。因为基因表达与蛋白质生成并不成比例。
上述问题不仅是当前和今后一段时期内国内外基因芯片技术研究的焦点，同时也是基因芯片能否从实验室研究推向临床应用的关键问题。
十一 基因芯片技术的研究可能方向
纵观当前基因芯片的研究趋势，基因芯片在今后几年内可能的发展方向，可能有以下几个方面：
1．进一步提高探针阵列的集成度，如有多家公司的芯片阵列的集成度已达1.0×105左右，这样基因数量在1.0×105以下的生物体（大多数生物体）的基因表达情况只用一块芯片即可包括。
2 提高检测的灵敏度和特异性。如检测系统的优化组合和采用高灵敏度的荧光标志。多重检测以提高特异性，减少假阳性。
4高自动化、方法趋于标准化、简单化，成本降低。价格高昂是目前推广应用的主要障碍之一，但随着技术的革新，基因芯片的价格将会大大降低。
5高稳定性。寡核苷酸探针、RNA均不稳定，易受破坏。而肽核酸（PNA）有望取代普通RNA/DNA探针，可以确保探针的高稳定性。
6 研制新的应用芯片，如1999年美国环保局(EPA)组织专家研讨会，讨论了毒理学芯片的发展策略。近来多种新的生物芯片不断问世，这是物理学、生物学与计算机科学共同的结晶。
7 研制芯片新检测系统和分析软件，以充分利用生物信息。
8 芯片技术将与其它技术结合使用，如基因芯片PCR、纳米芯片等。
9不同生物芯片间综合应用，如蛋白质芯片与基因芯片间相互作用等，可用于了解蛋白质与基因间相互作用的关系。
