双链RNA进入细胞后，一方面在Dicer酶的作用下被裂解成siRNA，另一方面在RdRP（以RNA为模板指导RNA合成的聚合酶，RNA-directed RNA polymerase）的作用下自身扩增后，再被Dicer酶裂解成siRNA。SiRNA的双链解开变成单链，并和某些蛋白形成复合物，Argonaute2是目前唯一已知的参与复合物形成的蛋白。此复合物同与siRNA互补的mRNA结合，使mRNA被RNA酶裂解 （如下图）
另一方面结合的产物以SiRNA作为引物，以mRNA为模板，在RdRP作用下合成出mRNA的互补链。结果mRNA也变成了双链RNA，它在Dicer酶的作用下也被裂解成siRNA。这些新生成的siRNA也具有诱发RNAi的作用，通过这个聚合酶链式反应，细胞内的siRNA大大增加，显著增加了对基因表达的抑制。从21到23个核苷酸的siRNA到几百个核苷酸的双链RNA都能诱发RNAi，但长的双链RNA阻断基因表达的效果明显强于短的双链RNA。
siRNA还能够通过某种不太明了的机制永久地关闭或者删除DNA片断，以在非常大的程度上控制染色质的形成，而不是仅仅暂时地抑制它们的活动。
动植物和人体的病原体中有一些是RNA病毒，如导致艾滋病的HIV和SARS的冠状病毒都是RNA病毒。有些RNA病毒在复制过程的一定阶段中会产生双链RNA。如果宿主体内有分解这种双链RNA的酶，就可将双链RNA切割成许多小的片段，这种小片段会与病毒RNA基因组的同源部分结合，使病毒基因失去复制功能，也就不能危害宿主。所以RNAi是自然界生物长期进化形成的一种防御机制。
2.1.4 现状与未来
2.1.4.1 疾病治疗
用RNAi来制备药物。其思路是根据病原体如病毒、细菌等的致病基因序列，以及生物体内与疾病发生相关的基因序列，设计和制备与这些基因序列有同源序列的双链RNA，转入动植物内使有关的疾病基因“沉默”(不能表达功能)，从而达到治疗的效果。
以治疗HIV为例，理论过程如上图所示。原理是利用siRNA抑制病毒再生或传染所需的蛋白质的生成。它的优势在于能够不损伤细胞而只抑制病毒蛋白质，其专一性是其他药物所难以具备的。但问题在于目标基因的选择，即如何筛选出针对致病蛋白质而不影响细胞正常的新陈代谢的siRNA。而且艾滋病毒变化迅速，目标 RNA 序列有可能在短时间内失效，这都给筛选提出了巨大的挑战。
对其他病毒的治疗也存在类似的问题，如SARS等。目前研究大都处于初期阶段，只在离体细胞或简单的真核细胞上做过试验，况且哺乳动物与人体的RNAi机制尚未清晰，所以利用siRNA制备药物潜力巨大但前路漫漫。
