siRNA以其在极低浓度下特征性的高效作用，已经成为在哺乳动物细胞中抑制（knock down）特定基因表达的有力工具。siRNA已应用于哺乳动物体细胞和胚胎细胞系，成功抑制一系列基因的表达。RNAi技术应用于哺乳动物神经系统基因功能的研究，首先是在一些神经系统来源的细胞系进行的。体外转录合成的siRNA、发卡状siRNA以及由含U6 siRNA表达载体在细胞内转录的两条siRNA链和发卡状siRNA，均可以显著降低小鼠P19细胞向神经元分化过程中神经元特异性β-tubulin蛋白的表达，其中以U6 siRNA表达载体形成的发卡状siRNA抑制作用最强，表明RNAi技术可以抑制神经元分化模型系统中神经元特异性基因的表达，有可能应用于哺乳动物神经分化与神经发生的研究[23]。通常认为，在哺乳类细胞中, 长于30 nt的 dsRNA能够诱导干扰素的表达和激活蛋白激酶，导致蛋白表达的广泛抑制和mRNA的非特异性降解，使RNAi的应用受到限制。而Gan等[24]的研究发现,以体外转录合成的平均大小约500-700 bp的dsRNA，可以特异地介导部分和完全分化后的小鼠神经母细胞瘤AGYNB010细胞中转基因和内源性基因表达沉默，针对绿色荧光蛋白（GFP）开放阅读框（ORF）的dsRNA，使GFP表达水平显著降低，而来源于内源基因多（ADP-核糖）聚合酶( PARP ) ORF的ds RNA则显著降低了PARP的表达。这一结果进一步提示，RNAi可以作为有效的工具应用于哺乳动物神经细胞基因功能的研究。
尽管在培养的线虫神经元，高浓度的dsRNA可诱导其靶基因表达降低，但是在原代培养哺乳动物神经细胞，siRNA的作用却不如其他类型细胞明显。这可能是由于RNA跨细胞膜转运或RNAi途径的不同造成的。在哺乳动物细胞系，化学合成的siRNA或表达siRNA质粒DNA, 一般是先与亲脂性试剂混合后再转染细胞，进而抑制基因表达。但是，对于分裂后原代神经元，转染效率较低，并且通常有细胞毒性，因而这些技术方法很难使siRNA在神经元中奏效。Krichevsky等[25]发现用阳离子转染试剂（TransMessenger transfection reagent），可以较容易地将合成的21 nt 微管相关蛋白2 (MAP2) 基因的siRNA导入培养大鼠大脑皮层与海马神经元，抑制了MAP2基因表达，表明RNAi在原代哺乳动物神经元是能够发挥作用的。短时间（2 h）低浓度（0.006~0.6 μg/mL）暴露于siRNA，即可造成内源性或外源性基因表达的抑制，而在此浓度范围的反义ssRNA，则不能抑制基因表达。更高浓度的siRNA/转染试剂，会对培养的神经元产生毒性。为研究转录因子心肌细胞增强因子2A（myocyte enhancer factor 2A，MEF2A）对小脑颗粒神经元存活所起的作用，利用以DNA载体为基础的RNAi技术，将由U6启动子控制下转录MEF2A hpRNA的质粒，在大鼠小脑颗粒细胞体外培养2 d后，以改进的磷酸钙转染法进行转染，转染3 d后以间接免疫荧光方法观察，发现MEF2A hpRNA有效而特异地降低了小脑颗粒细胞MEF2A蛋白水平；MEF2A hpRNA还显著抑制了小脑颗粒细胞内MEF2A依赖的基因转录活动和颗粒神经元存活。该研究进一步表明，RNAi技术可以成功地应用于分裂后哺乳动物神经元；以其相对简单，基于载体的RNAi方法为哺乳动物神经系统发育中基因功能研究提供了便捷的工具[26]。
