20多年前，在对矮牵牛（petunias）进行的研究中有个奇怪的发现：Rich Jorgens en和同事将一个能产生色素的基因置于一个强启动子后，导入矮脚牵牛中，试图加深花朵的紫颜色，结果没看到期待中的深紫色花朵，多数花成了花斑的甚至白的。Jorgensen 将这种现象命名为协同抑制（cosuppression ），因为导入的基因和其相似的内源基因同时都被抑制。开始这被认为是矮牵牛特有的怪现象，后来发现在其他许多植物中，甚至在真菌中也有类似的现象，特别是在脉孢霉Neurospora+ 中进行了详细的研究（在这里被称为quelling 现象）。
然而是什么原因导致这种基因沉默的现象呢？尽管对于部分植物来说，转基因引发的基因沉默可能是因为基因特异的甲基化而导致，这被称为转录阶段基因沉默（transcriptional ge ne silencing, or TGS ），但确实有部分的植物中的基因沉默是在转录后发生的，称为post transcriptional gene silencing, or PTGS。核转移实验表明同源转录本确实有出现，但是很快在胞浆中被降解，没有积聚。基因沉默可以在异核体的细胞核之间传递。后来进一步证实，在植物中，将出现转基因导致基因沉默的植物嫁接到另一没有基因沉默的植物中，同样可以诱发PTGS。在后来线虫和果蝇的实验中我们知道导致植物中的PTGS的反式作用因子是双链RNA。
转基因会引发PTGS，然而基因沉默也可能被一些病毒诱发。一旦被引发，PTGS由一种可扩散的反式作用分子介导。这首先在脉孢霉Neurospora中得到证实：Cogoni和他的同事发现基因沉默可以在异核体的细胞核之间传递。后来Palauqui和同事进一步证实，在植物中，将出现转基因导致基因沉默的植物嫁接到另一没有基因沉默的植物中，同样可以诱发PTGS。在后来线虫和果蝇的实验中我们知道导致植物中的PTGS的反式作用因子是双链RNA。
在果蝇的研究中同样发现了RNAi。尽管采用能生产dsRNA的酵母喂食果蝇实验以失败告终，但是通过显微注射或者通过基因枪将dsRNA注入果蝇胚胎中、或者将带有反向重复序列的DNA导入果蝇中能够引发基因沉默。在过去的几年中RNAi技术在果蝇的研究中成为一种反向遗传工具，用于鉴定功能缺失表型。
注射的RNAi如何引发基因沉默？在过去的数年中多个研究小组进行了不懈的努力。Baul combe和Hamilton首先在发生协同抑制的植物中鉴定出一些在没有发生基因沉默的植物中并不存在的大约25个碱基大小的RNA，这些RNA分别与沉默基因的正义和反义链互补。这成为揭示RNAi秘密的第一条关键线索。
后来在果蝇细胞中的实验进一步揭示这个秘密。在一系列著名的实验中，Zamore 和同事发现注入果蝇细胞的dsRNA被切割为21～23碱基长短的RNA片段，他们同时发现：与dsRNA同源的内源基因的mRNA，只在和dsRNA对应的部位被切割成为21—23核苷酸长的片断。很快，RNAi的机制越来越清楚了
