根据以上的实验结果，研究人员提出一种 RNAi 作用的简单模型：当 ds RNA 导入细胞后，可被一种 ds RNA 特异的核酸内切酶识别，切割成 21-23 核苷酸的小片段，这些片段可与该核酸酶的 dsRNA 结合结构域作结合，并且作为模板来辨识 target mRNA；识别之后，此 mRNA 与 dsRNA sense chain 发生链互换，原先 dsRNA 中的 sense chain 被 mRNA 取替，而从 enzyme-dsRNA complex 中释放出来，而 mRNA 则位于原先 sense chain 的位置。同时此核酸酶亦在同样位置对 mRNA进行切割，这样又产生了21-23核苷酸长的 dsRNA小片段，再度与核酸酶形成复合物，继续对target mRNA 进行切割，从而使目的基因沉默，无法作用进而产生 RNAi 的现象。在使用遗传分析的方法后，目前从线虫中已分离到 RDE-2, RDE-3和 Mut-7等 RNAi相关的基因。
RNAi 在功能基因组的研究中，可作为一种强有力的工具。我们将功能未知的基因编码区，如外显子- exon 或启动子 - promoter 区，以反向重复的方式由同一启动子控制表达效能。如此在转殖基因个体内转录出的RNA，即可形成 dsRNA，产生RNA干涉，使目的基因沉默，从而进一步研究目的基因的功能，这种技术即为 RNAi 技术。根据所选用序列的不同，可将其分为编码区RNAi 和启动子区 RNAi 技术。
1．编码区RNAi技术
自1998年在线虫中发现 RNAi 现象以来，以基因编码区为标的序列的编码区 RNAi 技术已广泛用于线虫功能基因组的研究。最初这种技术是通过注射或浸泡等方法直接导入到线虫的性腺或早期胚胎中。这些方法虽然可以关闭目的基因的表达，产生突变表型，但这种表型变化却不能遗传。
早期的 RNAi 技术可用在研究与胚胎发育相关基因的功能上，但是由于细胞分裂造成 dsRNA 的稀释，使得这种方法在研究成体的基因功能时有一定的局限性。为弥补早期 RNAi 技术的不足，Tavernarakis 等将 RNAi 技术做了一些改进及更动，将目的基因之标的序列以反向重复的方式，由热激启动子来控制此基因在生物体中表达程度。经过热休克的处理后，反向重复序列即在细胞内开始转录，其产物会形成具发夹环结构的dsRNA，从而产生 RNAi，使目的基因沉默。
这种改进的 RNAi 技术与传统的 RNAi 技术相比，具有明显的优点：首先转殖基因可以遗传给后代，有利于突变的分析；其次dsRNA可以被诱导产生，RNAi能够在发育特定阶段出现，从而使不可能出现在发育晚期的早期基因功能，进而可以研究早期发育必需基因在晚期的基因功能。另外，使用细胞特异性启动子来控制 dsRNA 的表达时，可以同时研究特定基因在不同器官中的功能。Kennerdell J. R.和CarthewR. W.已使用 GAL4/UAS 系统控制 dsRNA 在果蝇中的表达，实现了诱导性或细胞特异性控制RNAi 的发生。
随着应用 RNAi 技术研究线虫功能基因组工作的开展，研究人员对该技术在植物中应用亦开始探索其可能性。加州理工大学的 Chuang C. F.和Megerowitz E. M.使用此技术研究"拟南芥"的 AG, CLV3, AP1, PAN 四个与开花相关的基因。结果表明：使用RNAi 技术可以产生功能丧失或降低突变体，而其表型与以前使用其它方法鉴定之突变体类似。使用 RNA 原位杂交方式可表明，在 RNAi 突变体的 target mRNA 显著降低。该结果说明 RNAi 技术亦可以成为植物功能基因组研究中的有力工具。
