植物基因组学国家重点实验室于2003年经国家科技部批准正式成立,其前身是1990年成立的中国科学院植物生物技术开放实验室。实验室现任主任为方荣祥院士，学术委员会主任为朱立煌研究员。
实验室的目标是从我国农业发展和学科建设的需要出发，以主要农作物和经济作物以及重要模式植物为材料，以基因组的序列结构研究为出发点，全面系统地开展植物和植物病原微生物的功能基因组学研究，着重于大规模新基因的克隆鉴定、功能分析和潜在应用价值的探索，推动植物生物技术的源头创新和转基因植物的产业化。建立我国植物基因组学理论体系和技术平台，使实验室成为国内植物基因组学源头创新研究的中心，不断提高在国际上的竞争力和影响力。
实验室现有固定人员62人，其中中科院院士2名，国家杰出青年基金获得者7名，中科院“百人计划”入选者10名，博士生导师18名，基金委“优秀创新群体”入选者2名。非固定人员约230名，包括在读研究生、博士后和客座研究人员。在高级研究人员中，获博士学位的占70%，45岁以下的占60%。
实验室近年来的重要研究成果包括：水稻分蘖控制基因MOC1的克隆，发表在Nature (2003)上，入选当年的中国十大科技进展，并引起新华社、美联社、法新社、纽约时报等世界主流媒体的关注；水稻全基因组的框架图，以封面文章发表在Science (2002)上，水稻控制脆杆性状基因BC1的克隆，以封面文章发表在Plant Cell (2003)上；拟南芥PEAMT酶在调控育性和耐盐机制上的作用的研究，发表在Plant Cell (2002)上；拟南芥脂肪酸合成酶基因MOD1的功能研究，发表在Plant Cell (2000)上。1998-2004年实验室共发表论文622篇，其中国外SCI刊物124篇；申请国内发明专利63项，国际专利7项，已授权30项（其中国际专利5项）。
实验室概况 实验室的目标是从我国农业发展和学科建设的需要出发，以主要农作物和经济作物以及重要模式植物为材料，以基因组的序列结构研究为出发点，全面系统地开展植物和植物病原微生物的功能基因组学研究，着重于大规模新基因的克隆鉴定、功能分析和潜在应用价值的探索，推动植物生物技术的源头创新和转基因植物的产业化。建立我国植物基因组学理论体系和技术平台，使实验室成为国内植物基因组学源头创新研究的中心，不断提高在国际上的竞争力和影响力。 实验室现有固定人员62人，其中博士生导师18人，中科院院士2人，国家杰出青年基金获得者7人，基金委"优秀创新群体"入选者2人，中科院"百人计划"入选者10人。非固定人员约230人，包括研究生、博士后和客座研究人员。实验室学术委员会由15名植物基因组学等领域中的著名专家组成，朱立煌研究员担任学术委员会主任。 实验室实行主任负责制。实验室的第一届主任为朱立煌研究员（1990-2001），现任实验室主任为方荣祥院士。实验室目前有创新研究小组18个，课题组长分别是：朱立煌、翟文学、王斌、陈受宜、李家洋、左建儒、陈明生、程祝宽、曹晓风、李传友、谢旗、朱祯、储成才（遗传发育所）以及方荣祥、何朝族、蔡文启、夏桂先和郭惠珊（微生物所）。
植物基因组学国家重点实验室的前身是中国科学院植物生物技术开放实验室, 于1983年开始建设，1990年经中国科学院批准成立，依托于中国科学院遗传所（遗传与发育生物学研究所的前身）和微生物研究所。2003年1月通过专家评议，由国家科学技术部批准升级为植物基因组学国家重点实验室，并于2004年4月3日正式挂牌成立。目前，实验室已初步发展成为我国植物基因组学的主要研究中心之一。
近年来，实验室各课题组成员应用遗传学、分子生物学、细胞生物学和生物化学以及生物信息学等理论和技术，在植物基因组学和蛋白组学领域进行了全面、系统和开拓性的研究，取得了重要研究成果。目前承担的国家或部门的课题有104项，国际合作项目4项。至2004年底，实验室共发表论文620余篇，包括在Science, Nature, Current Biology, Plant Cell, Plant Journal, Plant Physiology, Plant Molecular Biology, Genetics等刊物上发表的论文20余篇。其中最为出色的是李家洋课题组，先后在Nature, Plant Cell, Plant Journal等主流刊物上发表7篇有重要影响的论文。
