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Northern Blot实验方法
作者:未知 来源:本站原创 时间:2005-7-10

    [仪器、试剂、材料]
    (一)仪器
    恒温水浴箱,电泳仪,凝胶成像系统,真空转移仪,真空泵,UV 交联仪,杂交炉,恒温摇床,脱色摇床,漩涡振荡器,分光光度计,微量移液器,电炉(或微波炉),离心管,烧杯,量筒,三角瓶,等。
    (二)材料
    总RNA样品或mRNA样品,探针模板DNA(25 ng),尼龙膜
    (三)试剂
    NorthernMax Kit(Cat. # 1940,Ambion, Inc.),琼脂糖,DEPC, X光底片,底片暗盒,Random Primer, dNTP Mixture,111 TBq/mmol[a-32P]dCTP,Exo-free Klenow Fragment和10 X Buffer, Sephadex G-50,SDS,双氧水, 灭菌水等。

    [方法与步骤]
    1. 用具的准备:
    180度烤器皿:三角锥瓶、量筒、镊子、刀片等4小时。
    电泳槽:清洗梳子和电泳槽,并用双氧水浸泡过夜,用DEPC水冲洗,干燥备用。
    处理DEPC水(2 L)备用。

    2.用RNAZaP去除用具表面的RNase酶污染
    用RNAZap擦洗梳子,电泳槽,刀片等,然后用DEPC水冲洗二次,去除RNAZap。

    3.制胶:
    1. 称取0.36mg 琼脂糖加入三角锥瓶中,加入32.4mlDEPC水后,微波炉加热至琼脂糖完全熔解。60℃空气浴平衡溶液 (需加DEPC水补充蒸发的水分)
    2. 在通风厨中加入3.6ml的10*Denaturing Gel buffer,轻轻振荡混匀。
    注意尽量避免产生气泡。
    3. 将熔胶倒入制胶板中,插上梳子
    如果胶溶液上存在气泡,可以用热的玻璃棒或其它方法去除,或将气泡推到胶的边缘。注:胶的厚度不能超过0.5cm。
    4.胶在室温下完全凝固后,将胶转移到电泳槽中,加入1x MOPS Gel Running buffer盖过胶面约1cm,小心拔出梳子。(配制250ml 1*MOPS Gel Running buffer,在电泳过程中补充蒸发的buffer。)
    5.检查点样孔。

    4. RNA样品的制备
    在RNA样品中加入3倍体积的formaldehyde load dye和适当的EB(终浓度为10ug/ml)。混匀后,65℃空气浴15min。短暂低速离心后,立即放置于冰上5min。

    5. 电泳:
    1. 将RNA样品小心加到点样孔中。
    2. 在5V/cm下跑胶(5x14cm)。在电泳过程中,每隔30min短暂停止电泳,取出胶,混匀两极的电泳液后继续电泳。当胶中的溴纷蓝(500bp)接近胶的边缘时终止电泳。
    3. 紫外灯下,检验电泳情况,并用尺子测量18S、28S、溴纷蓝到点样孔的距离。
    注意不要让胶在紫外灯下曝光太长时间。

    6. 转膜
    1.用3%双氧水浸泡真空转移仪后,用DEPC水冲洗。
    2.用RNAZap擦洗多孔渗水屏和塑胶屏,用DEPC水冲洗二次。
    3.连接真空泵和真空转移仪,剪取一块适当大小的膜(膜的四边缘应大于塑胶屏孔口的5mm),膜在Transfer buffer浸湿5分钟后,放置在多孔渗水屏的适当位置。
    4.盖上塑胶屏,盖上外框,扣上锁。
    5.将胶的多余部分切除,切后的胶四边缘要能盖过塑胶屏孔,并至少盖过边缘约2mm,以防止漏气。
    6.将胶小心放置在膜的上面,膜与胶之间不能有气泡。
    7.打开真空泵,使压强维持在50~58mbar;立即将transfer buffer加到胶面和四周。每隔10min在胶面加上1ml transfer buffer,真空转移2小时。
    8.转膜后,用镊子夹住膜,于1x MOPS Gel Running buffer中轻轻泡洗10秒,去除残余的胶和盐。
    9.用吸水纸吸取膜上多余的液体后,将膜置于UV交联仪中自动交联。
    10.将胶和紫外交联后的膜,在紫外灯下检测转移效率。(避免太长的紫外曝光时间)
    12.将膜在-20℃保存。

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