以往，研究基因表达差异的主要方法是双向蛋白质电泳指纹图谱和依赖杂交的筛选技术。这两种技术各有自己的适用范围和优点。蛋白质指纹技术具有很高的灵敏度，可以很方便地区分出不同的表达产物，但往往得不到足够的量来分析和克隆它们的基因；而杂交技术则需要较长的周期和繁琐的步骤，也易发生基因的丢失。所以多年以来，人们一直想找出一种更方便有效的替代方法。
哈佛大学医学院的Ｐeng Ｌiang和Ａrthur Ｂ．Ｐardee博士发明的mＲＮＡ差别显示即ＤＤ法（differential display of mＲＮＡ by ＰＣＲ）， 是一种新的研究基因差异表达的有力工具。这个方法的离要程序是将细胞内的m ＲＮＡ抽提出来，反复录成cＤＮＡ，尔后经ＰＣＲ随机扩增， 通过在测序凝胶上电泳条带的比较筛选出不同的表达的基因，并回收这些ＤＮＡ片段，经扩增后作为探针，在c ＤＮＡ或基因组ＤＮＡ库中扫描找到相关基因。原则上如果选用不同的引物组合，这个方法可以检测到细胞中约15000种不同基因的表达情况， 这就给出了一个类似于蛋双向电泳的指纹图谱，基因表达的不同马上就可以知道，并因此分离到该基因。
由于这种方法主要依赖于ＰＣＲ技术，所以选择合知的引物是这一方法成功的关链。用于逆转录合成单链cＤＮＡ和ＰＣＲ扩增的３'引物设计得益于许多真m ＲＮＡ共有的polyＡ尾巴，所以oligo dＴ作引物就可锚定在polyＡ上。 加之又在引物的３'端加了两个碱基，它们将随机地与mＲＮＡ的polyＡ上游两个碱基配对，由于这两个碱基有12种不同的组合，从而将有的mＲＮＡ分成12个组。 这样就减少了每次分析的mＲＮＡ数量，提高了分辨率。后来这一引物的设计又得到了改进， 将倒数第二个碱基改成了一个简并碱基，从而将３'引物的数量减少到４个， 分别是５'Ｔ12ＮＡ３'、５'12ＮＧ３'、５'Ｔ12ＮＴ３'和５'12ＮＣ３'（其中Ｎ是d Ａ、dＧ或dＣ），这样就将所有mＲＮＡ分成了４组， 这一改进既减少了引物的用量和需要分析的次数，又保证了足以灵敏地检测到所有可能的表达产物。
在获得cＤＮＡ以后进行的ＰＣＲ扩增中，５'所用的引物是一组随机引物，引物的选择关键在于它们的长度。理论上这个长度要满足两个条件：一是要和m ＲＮＡ有合适的配对效率，其次则是必须符合ＰＣＲ引物的要求。从为了获得较高的配对概率来讲，这个引物应足够短，以具有更高的灵敏度，６到７个碱基被认为是合适的长度。但是很明显，这样一个引物用于ＰＣＲ扩增是太短的，虽说在用ＰＣＲ研究 ＤＮＡ多态性的实验中，8￣10个碱基长的引物也被应用，但一般ＰＣＲ所用的上物往往有20个碱基或更长。经过选择不同长度引物是适宜的，下表是实验的结果：
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随相引物的长度 配对几率 陈列的mＲＮＡ数
（个）
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（碱基数） （千碱基/配对位点） 理论值 实际结果
