专家分析认为，这主要是由于我国绝大多数真菌杀虫剂生产企业都是计划经济下的产物，都是林业系统的下属机构或企业，依靠拨款吃大锅饭，缺乏发展后劲。据了解，从２０世纪７０年代开始，我国首先应用真菌杀虫剂防治林业病虫害，大多数地区都建立了自己的真菌制种站（厂），进行国营或集体林的防治。这些企业主要依靠国家拨款来维持生产，人员都是事业编制，所有产品都是自产自己消耗，根本就无产品质量标准可言。随着几十年的发展，这些制种站（厂）体制已十分僵化，绝大多数企业发展还停留在几十年前的水平上。
国家林业局有关负责人透露，我国真菌杀虫剂生产企业多达三四百家，但目前绝多数企业规模像作坊，工艺落后，技术人员缺乏，产品技术含量低。各个企业的生产和应用规模基本上徘徊不前，应用研究在工艺上的改进，基本上都采用双向发酵工艺线路，自称发明的各种表面发酵设备（浅盘或发酵床）大同小异，迄今仍在使用。产品质量不稳的重大问题无法解决；一些相对较先进的工艺（如半固体发酵工艺，载体生产工艺等）多因成本过高而未能推广。例如，２０世纪８０年代各个企业以摇瓶生产为主，采用的都是试管玻璃瓶，即使到了２０世纪９０年代的发酵罐生产，企业也只是利用塑料罐配合几根皮软管进行生产，而且大多数企业后期的制剂干燥设备就只有几个木架、小木屋作为干燥室或干脆在室外晒干。
同时，这些企业不仅规模小，而且品种单一，大部分产品科技含量不高，低水平重复仿制居多。这种状况的持续导致了目前我国真菌杀虫剂产业化程度极低。据了解，我国迄今只有两种真菌杀虫剂产品登记，其中一个是外资企业产品，另外一个还不是活菌制剂。而当前国外的真菌杀虫剂产品已经有近２０个国家生产的２１个产品，主要是球孢白僵菌、布氏白僵菌、金龟子绿僵菌、黄绿绿僵菌等。
目前处于低水平发展的我国真菌杀虫剂产业正面临两大挑战。首先是国家对生物农药实行严格的“三证”制度，规范生物农药市场秩序，绝大多数真菌杀虫剂生产企业都面临“关门”危机。国家有关部门正在要求真菌杀虫剂必须获得国家农药生产定点许可证、农业部农药生产登记证和规范的企业标准证。国家林业局有关负责人在研讨会上透露，目前我国几乎全部的真菌杀虫剂企业都缺乏“三证”，根本没办法进入市场进行产业竞争，即使自产自销的计划经济市场也都在逐步萎缩。例如，湖南省林业系统真菌杀虫剂在内部自产自销的比例从２０世纪７０年代的８０％以上下降到了去年的２０％以下。
第二个挑战来自国外生产厂家的激烈竞争。加入世贸组织后，我国生物农药市场竞争更加激烈。目前瑞士诺华、德国巴思夫、日本武田制药、美国孟山都等跨国公司已经进入中国生物农药市场。这些企业先进口或生产少量高质量的真菌杀虫剂原剂，进而利用自身的技术实力开发配制出大量的剂型品种，广泛地占领市场。因此专家认为，我国国内真菌杀虫剂企业面对的不仅是国内市场，还有国外市场，要未雨绸缪，及早布局，制订政策，加速发展规模化的生物农药产业，并加快新产品的研究开发和剂型的开发步伐。
